Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGTGTGGATTCATATGTGAATCGTTCATTTCATACTTTGAGATGTGTTTGAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacctcgccgtaacatcagctttcaatgatcggggtttttattaaatagtcatggctgtatttggcaaatatcatgtttgttttgcaaatttttgagaacttacggagtgtaatgttcatgtggattgtcgggaaactag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S6_194V6.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162198165|gb|FC373089.1|FC373089
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162264350|gb|FC440516.1|FC440516
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162233471|gb|FC410242.1|FC410242
EST:     GACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162192965|gb|FC371948.1|FC371948
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162265400|gb|FC440726.1|FC440726
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162152959|gb|FC329261.1|FC329261
EST:     CGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: CGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|208375595|gb|DC902812.1|DC902812
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGANCTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|67698792|gb|BJ959025.1|BJ959025
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162211231|gb|FC386943.1|FC386943
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162254308|gb|FC430443.1|FC430443
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|37837789|gb|BJ595797.1|BJ595797
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTNGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162219204|gb|FC396643.1|FC396643
EST:     TGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: TGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162254307|gb|FC430442.1|FC430442
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162187283|gb|FC363233.1|FC363233
EST:     ACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTNGGAATGGGCTTATATG
genomic: ACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162162785|gb|FC337839.1|FC337839
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162168367|gb|FC344681.1|FC344681
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162189668|gb|FC366306.1|FC366306
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|208397953|gb|DC916708.1|DC916708
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162192964|gb|FC371947.1|FC371947
EST:     CCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: CCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162179437|gb|FC355437.1|FC355437
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
EST: gi|162179436|gb|FC355436.1|FC355436
EST:     GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTG                         ACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG
genomic: GAATGGATTGCACACGGGAAATGTAATCCTCCGACTTGTCGAAGCAGTTGgtaagtacct ... gggaaactagACGTGTACCTTGTGGGAACTGTGATGCTCATATTTGGAATGGGCTTATATG