Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTTCGTCCATTGAAGAAGATTATAACGCCGCTGGCGGAGAAGTGTTACTAGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAGgtatacagtggttttaatttaatcacagtgctgcacgatcttaggagggaaatcgctatttttttatcaccttctgggatgattgcgggaacaaatgccc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S62_116V6.3
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162174529|gb|FC350184.1|FC350184
EST:     AGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAG                         AANACAAGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGACACTCAAGAAAGTT
genomic: AGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAGgtatacagtg ... ggttggctagAAAACAAGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGACACTCAAGAAAGTT
EST: gi|162164443|gb|FC341569.1|FC341569
EST:     AGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAG                         AAAACAAGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGACACTCAAGAAAGTT
genomic: AGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAGgtatacagtg ... ggttggctagAAAACAAGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGACACTCAAGAAAGTT
EST: gi|208353788|gb|DC906476.1|DC906476
EST:     AGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAG                         AAAACANGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGA
genomic: AGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAGgtatacagtg ... ggttggctagAAAACAAGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGA
EST: gi|208384521|gb|DC914993.1|DC914993
EST:     AGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAG                         AAAACAAGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGACACTCA-GAAAAGT
genomic: AGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAGgtatacagtg ... ggttggctagAAAACAAGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGACACTCAAGAAA-GT
EST: gi|162165648|gb|FC341487.1|FC341487
EST:     AGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAG                         AAAACAAGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGACACTCAAGAAAGTT
genomic: AGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAGgtatacagtg ... ggttggctagAAAACAAGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGACACTCAAGAAAGTT
EST: gi|208347066|gb|DC909350.1|DC909350
EST:     AGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAG                         AAAACAAGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGACACTCAAGAAAGTT
genomic: AGACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGAGgtatacagtg ... ggttggctagAAAACAAGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGACACTCAAGAAAGTT
EST: gi|100384884|gb|BY969619.1|BY969619
EST:     ACNATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAGNNAG                         AAA-CA-GACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGACACTNCA-GAAAG
genomic: ACAATGATGATGATGAGGGTTGGCTTGCCACGCACGGAATTGACAG--AGgtatacagtg ... ggttggctagAAAACAAGACAGAGGATGAAATTGTGCCATCTATGGACACT-CAAGAAAG