1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
ATTGCTGCTGGGAAAGCTGTTGCACAACTGCAAATAGAGCATGGCTTAACTGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAGgtaattgtgttgttgcagaagcttctctatcttaggattcttctagagggtaattatttggaaacaataggtctctagttatatgttcctgcgaggacac...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S55_31V6.1 |
intron # | 12 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAG GAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTEST: gi|162258292|gb|FC434691.1|FC434691
genomic: AAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAGgtaattgtgt ... taatctacagGAATGTCACTGTCTGTGCTGAA-GGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTT
EST: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAG GAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTGEST: gi|162191125|gb|FC367387.1|FC367387
genomic: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAGgtaattgtgt ... taatctacagGAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTG
EST: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAG GAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTGEST: gi|162258293|gb|FC434692.1|FC434692
genomic: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAGgtaattgtgt ... taatctacagGAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTG
EST: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAG GAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTGEST: gi|208383031|gb|DC927781.1|DC927781
genomic: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAGgtaattgtgt ... taatctacagGAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTG
EST: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAG GAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTGEST: gi|162256015|gb|FC431779.1|FC431779
genomic: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAGgtaattgtgt ... taatctacagGAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTG
EST: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAG GAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTGEST: gi|162160935|gb|FC337479.1|FC337479
genomic: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAGgtaattgtgt ... taatctacagGAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTG
EST: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAG GAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTGEST: gi|7067110|gb|AW496965.1|AW496965
genomic: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAGgtaattgtgt ... taatctacagGAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTG
EST: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAG GAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATGTGTG-ATGCACTTEST: gi|162231998|gb|FC409072.1|FC409072
genomic: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAGgtaattgtgt ... taatctacagGAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTT-TGGATGCACTT
EST: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAG GAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTG
genomic: TGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAGgtaattgtgt ... taatctacagGAATGTCACTGTCTGTGCTGAAGGTGGACGACTACATTTTGGATGCACTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTGCTGCTGGGAAAGCTGTTGCACAACTGCAAATAGAGCATGGCTTAACTGTAAAACGTGTTTATACGGGTTCCTTTATGACATCACTTGACATGGCAGgtaattgtgttgttgcagaagcttctctatcttaggattcttctagagggtaattatttggaaacaataggtctctagttatatgttcctgcgaggacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaata