Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGACAAACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAGgtacttgttcaaacgcttgagagggttattttgttctgagttcttattgcatcgctccttctattctttcgttccgactgttatatcttgcaaggatgat...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S55_31V6.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208364697|gb|DC943599.1|DC943599
EST:     AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAG                         TCTTGGAGCAACACCGATGATGGANNCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTG
genomic: AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAGgtacttgttc ... gtttgtgtagTCTTGGAGCAACACCGATGATGGAG-CTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTG
EST: gi|162258292|gb|FC434691.1|FC434691
EST:     AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAG                         TCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT
genomic: AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAGgtacttgttc ... gtttgtgtagTCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT
EST: gi|162191125|gb|FC367387.1|FC367387
EST:     AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAG                         TCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT
genomic: AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAGgtacttgttc ... gtttgtgtagTCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT
EST: gi|162258293|gb|FC434692.1|FC434692
EST:     AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAG                         TCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT
genomic: AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAGgtacttgttc ... gtttgtgtagTCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT
EST: gi|208383031|gb|DC927781.1|DC927781
EST:     AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAG                         TCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT
genomic: AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAGgtacttgttc ... gtttgtgtagTCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT
EST: gi|162256015|gb|FC431779.1|FC431779
EST:     AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAG                         TCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT
genomic: AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAGgtacttgttc ... gtttgtgtagTCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT
EST: gi|162160935|gb|FC337479.1|FC337479
EST:     GGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAG                         TCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT
genomic: GGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAGgtacttgttc ... gtttgtgtagTCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT
EST: gi|7067110|gb|AW496965.1|AW496965
EST:     AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAG                         TCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGTGAAAGCTGT
genomic: AACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAGgtacttgttc ... gtttgtgtagTCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 57

GAGACAAACTATGTGCCTATCAAACCAGGGAGTCGAGTTGTGCTCATGGTGAATAGgtacttgttc ... gtttgtgtagTCTTGGAGCAACACCGATGATGGAGCTAATGATTGCTGCTGGGAAAGCTGTTGCACAACTGCAAATAGAGCATGGCTTAACTGTAAAACGTGTTTATACG




<











<


<