Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgttatagctatcatttcataagattgttttgaagggccttgtaagaaacgggatacagtaaatacatgcttgccgtgagcttggcatgttcatttctgcaaataaacaatgcactaaggaaaacgtggttgtttatgtttgtagTCAGCACTACTTAAAAAGGCCGGAGATGCAGAAAGAGATGTAGCAGAGGAAAGCGCTACAAAGTTGAGAGTTCAGCAGCAAAATTCCACCGCGTTGGTTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S507_6V6.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162257296|gb|FC433379.1|FC433379
EST:     CTTCTATGGTGGACATCATGGCAGAAATGCCTAAATTCCCAGTTCGTCAG                         TCAGCACTACTTAAAAAGGCCGGAGATGCAGAAAGAGATGTAGCAGAGGAA
genomic: CTTCTATGGTGGACATCATGGCAGAAATGCCTAAATTCCCAGTTCGTCAGgtatgttgtt ... atgtttgtagTCAGCACTACTTAAAAAGGCCGGAGATGCAGAAAGAGATGTAGCAGAGGAA
EST: gi|162167054|gb|FC342516.1|FC342516
EST:     CTTCTATGGTGGACATCATGGCAGAAATGCCTAAATTCCCAGTTCGTCAG                         TCAGCACTACTTAAAAAGGCCGGAGATGCAGAAAGAGATGTAGCAGAGGAA
genomic: CTTCTATGGTGGACATCATGGCAGAAATGCCTAAATTCCCAGTTCGTCAGgtatgttgtt ... atgtttgtagTCAGCACTACTTAAAAAGGCCGGAGATGCAGAAAGAGATGTAGCAGAGGAA
EST: gi|162267909|gb|FC444510.1|FC444510
EST:     CTTCTATGGTGGACATCATGGCAGAAATGCCTAAATTCCCAGTTCGTCAG                         TCAGCACTACTTAAAAAGGCCGGAGATGCAGAAAGAGATGTAGCAGAGGAA
genomic: CTTCTATGGTGGACATCATGGCAGAAATGCCTAAATTCCCAGTTCGTCAGgtatgttgtt ... atgtttgtagTCAGCACTACTTAAAAAGGCCGGAGATGCAGAAAGAGATGTAGCAGAGGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatttctgcaaataaacaatgcactaaggaaaacgtggttgtttatgtttgtagTCAGCACTACTTAAAAAGGCCGGAGATGCAGAAAGAGATGTAGCAGAGGAAAGCGCTACAAAGTTGAGAGTTCAGCAGCAAAATTCCACCGCGTTGGTTG
          aaataaacaat  TA-rich tract