Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCTAAAGTCATCAAAGTTTCTGGCCAAACCATTCCTCTTATATTGGTGAAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTGgtatgtccaagaggttccctgatagttgcttgttctgtatgctcctgggattctttagtgtatgatctgtttcaaagcgtgtctcccgtcttccttatacattttctctttcttttgcgactctatctccccatcatggtgtatgacttgattaactacatgtgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S39_120V6.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S39_120V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT4G26300.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
GTGCTAAAGTCATCAAAGTTTCTGGCCAAACCATTCCTCTTATATTGGTGAAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTGgtatgtccaagaggttccctgatagttgcttgttctgtatgctcctgggattctttagtgtatgatctgtttcaaagcgtgtctcccgtcttcct-tatacattttctctttcttttgcgactctatctccccat-catggtgtatgacttgattaactacatgtgcag-----------------
|||||   || ||     ||   |||     ||| || || ||  | || ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| |||||||| | ||||          ||||  ||    |||  || ||   |    |||  |||||  |||||   |||||| ||| |||     |||| | | ||      | |  | ||| |   |  ||    |  ||||   | | |||  |||   | | ||||  || |  ||||                   
GTGCTCGTGTGATTTTCCTTGAAGGCTTCGACATCCCACTCATGGTTGTAAAGAGTGATGGTGGTTTTAACTATGCCTCAACAGATCTGACTGCTCTTTGgtg---------ggttatctttacgttagttatttcatgaaatcc--ggatt--ttagta-gtgatct-tttgaaaatagatctcacatgttatgactttccgtgtctgtacttactgaagtttgatctgaacttgcatattgttcaa-tggattgtctgctggtgctaaattttgcctggcccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162181521|gb|FC358135.1|FC358135
EST:     AAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTG                         GTACCGTTTGAATGAAGAAAAGGCTGAAGTGATGGTATATGTTACAGATGT
genomic: AAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTGgtatgtccaa ... acatgtgcagGTACCGTTTGAATGAAGAAAAGGCTGAAGTGATGGTATATGTTACAGATGT
EST: gi|100379082|gb|BY986565.1|BY986565
EST:     AAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTG                         GTACCGTTTGAATGAAGAAAAGGCTGAAGTGATGGTATATGTTACAGATGT
genomic: AAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTGgtatgtccaa ... acatgtgcagGTACCGTTTGAATGAAGAAAAGGCTGAAGTGATGGTATATGTTACAGATGT
EST: gi|162177127|gb|FC353180.1|FC353180
EST:     AAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTG                         GTACCGTTTGAATGAAGAAAAGGCTGAAGTGATGGTATATGTTACAGATGT
genomic: AAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTGgtatgtccaa ... acatgtgcagGTACCGTTTGAATGAAGAAAAGGCTGAAGTGATGGTATATGTTACAGATGT
EST: gi|162182041|gb|FC356912.1|FC356912
EST:     AAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTG                         GTACCGTTTGAAAGAAGAAAAGGCTGAAGTGATGGTATATGTTACAGATGT
genomic: AAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTGgtatgtccaa ... acatgtgcagGTACCGTTTGAATGAAGAAAAGGCTGAAGTGATGGTATATGTTACAGATGT
EST: gi|162153393|gb|FC329903.1|FC329903
EST:     AAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTG                         GTACCGTTTGAATGAAGAAAAGGCTGAAGTGATGGTATATGTTACAGATGT
genomic: AAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTGgtatgtccaa ... acatgtgcagGTACCGTTTGAATGAAGAAAAGGCTGAAGTGATGGTATATGTTACAGATGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 26 (downstream exon)
Score: 7

GTGCTAAAGTCATCAAAGTTTCTGGCCAAACCATTCCTCTTATATTGGTGAAGAGTGATGGCGGTTTCAATTATGCCTCTACAGATATGACTGCTATGTGgtatgtccaa ... acatgtgcagGTACCGTTTGAATGAAGAAAAGGCTGAAGTGATGGTATATGTTACAGATGTGGGTCAGTCCCAGCATTTTGATATGGTCTTTAAG




<











<


<