Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcgaaccatttataattagtatgttcaatcgagcagtcatgattttttaagaatctttgttctgttttttttttcttaacttgttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGAGTGGAAATTATAATTTACTCCAGACTACTCAACCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g04980.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29679209|gb|CB675484.1|CB675484
EST:     GCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: GCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|29679207|gb|CB675482.1|CB675482
EST:     GCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: GCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|33676001|gb|CF304240.1|CF304240
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|58696224|gb|CK084911.1|CK084911
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|29671403|gb|CB667678.1|CB667678
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|58663800|gb|CK052486.1|CK052486
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|33675052|gb|CF303291.1|CF303291
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|29670550|gb|CB666825.1|CB666825
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgattttttaagaatctttgttctgttttttttttcttaacttgttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGAGTGGAAATTATAATTTACTCCAGACTACTCAACCAG
                                   tcttaac  putative branch site (score: 2)
               tctttgttctgttttt  CT-rich tract
                          ttttttttttcttaac  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttcgaaccatttataattagtatgttcaatcgagcagtcatgattttttaagaatctttgttctgttttttttttcttaacttgttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGAGTGGAAATTATAATTTACTCCAGACTACTCAACCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA