Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatattcatgatcttatattggttattacgtactaattatttaccatgtatattctaagccgttgatttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGGTGTTGAAGGCTTGGGCTGCATCGGAAGGAATCCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g04980.2
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g04980.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 19
lower sequence: GRMZM2G176546_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtaatattcatgatcttatattggttat-tacgtactaattatttaccatgtatattctaagccg-ttgatttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGGTGTTGAAGGCTTGGGCTGCATCGGAAGGAATCCAG
|||||||| |||||  | | |||| ||| |    |  | ||||   ||| | || ||||||  |  ||| || |  |||||| || ||||| |||||||| || ||||   | || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||
gtaatatttatgattctgtgttggctatatgaccatcagttatg-gccaagcatgttctaaatctcttgtttcggttgcagGCGACAGTTTCAACTCTTCCTTAGTTGGTATTGTTGCAGTTGAACCAGAGGTTATGAAGGCTTGGGCTGCATCTGAAGGGATCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|66919239|gb|CX106087.1|CX106087
EST:     TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATG                         GTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
genomic: TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATGgtaatattca ... ttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
EST: gi|29671404|gb|CB667679.1|CB667679
EST:     CAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATG                         GTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
genomic: CAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATGgtaatattca ... ttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
EST: gi|58590451|gb|CF988759.1|CF988759
EST:     TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATG                         GTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
genomic: TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATGgtaatattca ... ttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
EST: gi|58595336|gb|CF993644.1|CF993644
EST:     TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATG                         GTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
genomic: TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATGgtaatattca ... ttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
EST: gi|29679208|gb|CB675483.1|CB675483
EST:     TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATG                         GTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
genomic: TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATGgtaatattca ... ttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
EST: gi|29679210|gb|CB675485.1|CB675485
EST:     TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATG                         GTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
genomic: TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATGgtaatattca ... ttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
EST: gi|29665943|gb|CB662218.1|CB662218
EST:     TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATG                         GTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
genomic: TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATGgtaatattca ... ttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
EST: gi|29665942|gb|CB662217.1|CB662217
EST:     TGAGAATGTCTATGTTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATG                         GTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
genomic: TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATGgtaatattca ... ttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
EST: gi|29674249|gb|CB670524.1|CB670524
EST:     TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATG                         GTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
genomic: TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATGgtaatattca ... ttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
EST: gi|29670549|gb|CB666824.1|CB666824
EST:     TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATG                         GTGATAGTNTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
genomic: TGAGAATGTCTATGCTAAGTGCAAGTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATGgtaatattca ... ttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
EST: gi|29622335|gb|CB627346.1|CB627346
EST:     GTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATG                         GTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG
genomic: GTTTATTGCGCAGTGCTTTATATATGgtaatattca ... ttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattacgtactaattatttaccatgtatattctaagccgttgatttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGGTGTTGAAGGCTTGGGCTGCATCGGAAGGAATCCAG
           taattatttaccatgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatattcatgatcttatattggttattacgtactaattatttaccatgtatattctaagccgttgatttgaatgcagGTGATAGTTTAAACTCTTCTTTGGTTGCCGTAGTAGCAGTTGAACCAGAGGTGTTGAAGGCTTGGGCTGCATCGGAAGGAATCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA