Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caaacactacatcagtttgtacctttaatttaatcatgatatattctttggaatgaagtatttttatgtttgcttatgtatatgtctctatttattgcagCTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g04980.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33676001|gb|CF304240.1|CF304240
EST:     ACCATGCGACAGTAGAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG
genomic: ACCATGCGACAGTAGAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG
EST: gi|58696224|gb|CK084911.1|CK084911
EST:     ACCATGCGACAGTAGAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG
genomic: ACCATGCGACAGTAGAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG
EST: gi|29671403|gb|CB667678.1|CB667678
EST:     ACCATGCGACAGTAGAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG
genomic: ACCATGCGACAGTAGAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG
EST: gi|58690407|gb|CK079094.1|CK079094
EST:     ACCATGCGACAGTAGAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTGTTAAGCTTTATAACT
genomic: ACCATGCGACAGTAGAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTGTTAAGCTTTATAACT
EST: gi|58663800|gb|CK052486.1|CK052486
EST:     ACCATGCGACAGTAGAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG
genomic: ACCATGCGACAGTAGAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG
EST: gi|33675052|gb|CF303291.1|CF303291
EST:     ACCATGCGACAGTAGAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG
genomic: ACCATGCGACAGTAGAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG
EST: gi|29670550|gb|CB666825.1|CB666825
EST:     TTTCTGTGTGCCTC-CACACTAAGCACT                         CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG
genomic: TTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttggaatgaagtatttttatgtttgcttatgtatatgtctctatttattgcagCTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG
                                       tctctattt  CT-rich tract
      aatgaagtatttttat  TA-rich tract