1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
AGTGGCAGATTACTTTTAGGCACTGCCGAAATTATACCCTCTGAAGAGCTCATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgtaatttccaactttttcatgctaaaaatagctggttttatgctacttaactgtagcttttgttagtggaccaagtaaattttgttctgtga...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g45180.1 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|86506029|gb|CI148662.1|CI148662
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|86870825|gb|CI326656.1|CI326656
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|88490670|gb|CI427942.1|CI427942
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGACCAGTTCTTTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|33823460|gb|CF337537.1|CF337537
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|86886989|gb|CI324410.1|CI324410
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: GGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|88983214|gb|CI020778.1|CI020778
genomic: GGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|86895280|gb|CI331219.1|CI331219
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|86257369|gb|CI004187.1|CI004187
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|29672290|gb|CB668565.1|CB668565
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|86901267|gb|CI326110.1|CI326110
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: GATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|86905389|gb|CI285352.1|CI285352
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|86426902|gb|CI071999.1|CI071999
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTNATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGEST: gi|86852922|gb|CI323231.1|CI323231
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGTGGCAGATTACTTTTAGGCACTGCCGAAATTATACCCTCTGAAGAGCTCATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgtaatttccaactttttcatgctaaaaatagctggttttatgctacttaactgtagcttttgttagtggaccaagtaaattttgttctgtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG