1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ttccggtacaataacttggttagttcgtgcaaacctgggccaaaccaatccacacaagtaaaattaatctaatatgatacatatgtgtgtgtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCACAGATCCCCGCCTGGTTGCCTATTGACTCGAGGAACTGTAGTGTATCA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g45180.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|86506029|gb|CI148662.1|CI148662
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|86870825|gb|CI326656.1|CI326656
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|88490670|gb|CI427942.1|CI427942
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|33823460|gb|CF337537.1|CF337537
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|86886989|gb|CI324410.1|CI324410
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|88983214|gb|CI020778.1|CI020778
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|86895280|gb|CI331219.1|CI331219
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|86257369|gb|CI004187.1|CI004187
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|29672290|gb|CB668565.1|CB668565
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|86901267|gb|CI326110.1|CI326110
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|86905389|gb|CI285352.1|CI285352
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|86426902|gb|CI071999.1|CI071999
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCEST: gi|86852922|gb|CI323231.1|CI323231
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
EST: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG GCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
genomic: TATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTGgtaagataac ... gtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGC
caatccacacaagtaaaattaatctaatatgatacatatgtgtgtgtgtttgcagGCTGCTTGCGGGTGCAGGGGTTTAGGGGCTCGGACTGCTCTTCCCCATCGCACAGATCCCCGCCTGGTTGCCTATTGACTCGAGGAACTGTAGTGTATCA
atctaat putative branch site (score: 5)
aagtaaaattaatcta TA-rich tract