Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acgttgcttctcttttgttgattatgactgcggtaataggttttggcctatcattatgtgaggtggcatgagctgatttgttgtctgttttgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g45180.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86499585|gb|CI142218.1|CI142218
EST:     CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|86506029|gb|CI148662.1|CI148662
EST:     CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|86870825|gb|CI326656.1|CI326656
EST:     CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|88490670|gb|CI427942.1|CI427942
EST:     CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGACCAGTTCTTTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|33823460|gb|CF337537.1|CF337537
EST:     CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|86886989|gb|CI324410.1|CI324410
EST:     GGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: GGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|88983214|gb|CI020778.1|CI020778
EST:     CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|86895280|gb|CI331219.1|CI331219
EST:     CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|86257369|gb|CI004187.1|CI004187
EST:     CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|29672290|gb|CB668565.1|CB668565
EST:     CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|86901267|gb|CI326110.1|CI326110
EST:     GATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|86905389|gb|CI285352.1|CI285352
EST:     CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|86426902|gb|CI071999.1|CI071999
EST:     CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTNATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
EST: gi|86852922|gb|CI323231.1|CI323231
EST:     CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACG                         GTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG
genomic: CATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 12 (upstream exon), 53 (downstream exon)
Score: 2

AGTGGCAGATTACTTTTAGGCACTGCCGAAATTATACCCTCTGAAGAGCTCATAGATACAACTGGTGCGGGTGATGCATTTATCGGAGCAGTTCTCTACGgtcagtatgt ... tgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcctatcattatgtgaggtggcatgagctgatttgttgtctgttttgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG
                         agctgat  putative branch site (score: 2)
                                      tctgtttt  putative PPT
     tcattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
acgttgcttctcttttgttgattatgactgcggtaataggttttggcctatcattatgtgaggtggcatgagctgatttgttgtctgttttgtggtttagGTTTATGCTCTGGCATGCCGCCTGAGAAGATGCTGCCTTTTGCAGCTCAAGTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA