Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttggtatttaactattcatatgacagtgaatttcttctgttctattttaacaattgtttctttccattacagCCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAACATTGATCCAACTAACAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g20270.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g20270.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G016827_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtaagttggtattta----actat-tcatatgacagtgaatttctt-----ctgttctattttaacaattgtttctttccattacagCCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAACATTGATCCAACTAACAT
||||||||||||||     |  || |   |||   ||  ||| ||      ||||||| || | |||    || | |     |||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
gtaagttggtatttgttgtaggatgttggatgcatgttgattactaagctactgttctgttgtgacacgctttacctgtttctacagCCACGCTGGTTATTCATACTCGGGCCGATGTGCAGCTTATGCTTTTGGCAACATCGATCCAACTAACAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88390884|gb|CI611110.1|CI611110
EST:     AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCC                         CCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
genomic: AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCCgtaagttggt ... tccattacagCCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
EST: gi|88826685|gb|CI777250.1|CI777250
EST:     AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCC                         CCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCA
genomic: AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCCgtaagttggt ... tccattacagCCATGCTGGCTATTCATACTCAGGG-CGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCA
EST: gi|88288464|gb|CI661669.1|CI661669
EST:     AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCC                         CCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
genomic: AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCCgtaagttggt ... tccattacagCCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
EST: gi|40486364|gb|BX897928.1|BX897928
EST:     AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCC                         CCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGTTTATGCTTTTGGCAA
genomic: AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCCgtaagttggt ... tccattacagCCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
EST: gi|88371235|gb|CI597712.1|CI597712
EST:     AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCC                         CCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
genomic: AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCCgtaagttggt ... tccattacagCCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
EST: gi|66917040|gb|CX103888.1|CX103888
EST:     AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCC                         CCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
genomic: AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCCgtaagttggt ... tccattacagCCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
EST: gi|33810210|gb|CF330996.1|CF330996
EST:     AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCC                         CCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
genomic: AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCCgtaagttggt ... tccattacagCCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
EST: gi|58678103|gb|CK066790.1|CK066790
EST:     AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCC                         CCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
genomic: AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCCgtaagttggt ... tccattacagCCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
EST: gi|88417210|gb|CI576284.1|CI576284
EST:     AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCC                         CCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA
genomic: AGGGCTGCTGGTCTCACCAAGTCCCCTGATGTGAGGGCAGTAATTGCGCCgtaagttggt ... tccattacagCCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatgacagtgaatttcttctgttctattttaacaattgtttctttccattacagCCATGCTGGCTATTCATACTCAGGGCGGTGTGCGGCTTATGCTTTTGGCAACATTGATCCAACTAACAT
                           ttttaac  putative branch site (score: 2)
                                    ttgtttctttccatt  putative PPT
                         tattttaacaattgtt  TA-rich tract