1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...gcccgtatgtgacactggtggatcttactgttctagtgttgcatcgcgagaggtttataagttttatgacttgtgtcatatttgtactctacactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGAGCCTAATCCTGAGGAATTCCAGTCTCTTGATAACAGTGGATGGTCTTC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g67250.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|58593960|gb|CF992268.1|CF992268
genomic: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|29629880|gb|CB634889.1|CB634889
genomic: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|29678405|gb|CB674680.1|CB674680
genomic: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|29630218|gb|CB635227.1|CB635227
genomic: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|218494111|gb|FG958756.1|FG958756
genomic: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GTGATTTTGGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|218495650|gb|FG950472.1|FG950472
genomic: GTGATTTT-GGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|29630627|gb|CB635636.1|CB635636
genomic: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|218479724|gb|FG953391.1|FG953391
genomic: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|86481978|gb|CI124611.1|CI124611
genomic: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|58609260|gb|CK037293.1|CK037293
genomic: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|33796069|gb|CF323901.1|CF323901
genomic: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|29624492|gb|CB629503.1|CB629503
genomic: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GCAGTGCGATTCAGGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|58683098|gb|CK071785.1|CK071785
genomic: GCAGTGCGATTCA-GGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
genomic: GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
gcgagaggtttataagttttatgacttgtgtcatatttgtactctacactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGAGCCTAATCCTGAGGAATTCCAGTCTCTTGATAACAGTGGATGGTCTTC
cactttc CT-rich tract
tttataagttttatga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcccgtatgtgacactggtggatcttactgttctagtgttgcatcgcgagaggtttataagttttatgacttgtgtcatatttgtactctacactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGAGCCTAATCCTGAGGAATTCCAGTCTCTTGATAACAGTGGATGGTCTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - gtatgtg
- - - - - - - ctggtgg
- - - - - - - - - - - -cttactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgacttg