Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTCTCTGGGGTACTTCATCGCTGACCTTGCTATGTTATCCTGGGCTTATCCTTCCCTTGGCGGAATGGAGTATgtaagtgagcatagttgatcattaccatttattttatttcaccatttgtttactttctaggttactgctattcagtgtttattcaattactgtgtgctctgctgttcatattattcatcacttgggttgaccattgtcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g56230.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g56230.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G825226_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GTTTCTCTGGGGTACTTCATCGCTGACCTTGCTATGTTATCCTGGGCTTATCCTTCCCTTGGCGGAATGGAGTATgtaagtgagcatagttgatcattaccatttattttatttcac-catttgtttactttctaggttactgctattcagtgtttattcaattactgtgtgctctgctgttcatattattcatcacttgggttgaccattgtcag
|||||| | ||||| |||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||   ||||| || |||  ||||| |||||   ||||  || ||  |   ||| || |   |   | | |||  || |||    || | |    |                                   
GTTTCTGTTGGGTATTTCATCACTGACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaatatatcagatcactaacat--attttctttcatatatttccttgctccc--agtttctacctct---tttatatataaatacatgctgatttaacatg----------------------------------

upper sequence: LOC_Os01g56230.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv12s0028g01000.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GTTTCTCTGGGGTACTTCATCGCTGACCTTGCTATGTTATCCTGGGCTTATCCTTCCCTTGGCGGAATGGAGTATgtaagtgagcatagttgatcattaccatttattttatttcaccatttgtttactttctaggttactgctattcagtgtttattcaattactgtgtgctctgctgttcatattattcatcacttgggttgaccattgtcag
|||||| | || |||||| | ||||| ||||  ||| |||  |||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||   |    ||||   ||  |     ||||      |||||   | | ||   |    |         | |||  |||    ||   ||     || |||   |                               
GTTTCTGTTGGTTACTTCCTTGCTGATCTTGGGATGATATGTTGGTTTTATCCATCCCTAGGCGGAATGGAGTATgtaagtaccctcttttgagtgttttcccccctttt------ccattctgtgattt---aaagaaaaaaagcctaatgtacatttccataagatggtggatg-tgtgtgtg------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29660431|gb|CB656706.1|CB656706
EST:     ACCTTGCTATGTTATCCTGGGCTTATCCTTCCCTTGGCGGAATGGAGTAT                         GTTCTTCACCACTTGCTGTCAATTATTTCTTTAGTCTATGCTATTTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGTTATCCTGGGCTTATCCTTCCCTTGGCGGAATGGAGTATgtaagtgagc ... ccattgtcagGTTCTTCACCACTTGCTGTCAATTATTTCTTTAGTCTATGCTATTTATTCT
EST: gi|300215972|gb|HO088598.1|HO088598
EST:     ACCTTGCTATGTTATCCTGGGCTTATCCTTCCCTTGGCGGAATGGAGTAT                         GTTCTTCACCACTTGCTGTCAATTATTTCTTTAGTCTATGCTATTTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGTTATCCTGGGCTTATCCTTCCCTTGGCGGAATGGAGTATgtaagtgagc ... ccattgtcagGTTCTTCACCACTTGCTGTCAATTATTTCTTTAGTCTATGCTATTTATTCT
EST: gi|24208073|gb|AU225100.1|AU225100
EST:     ACCTTGCTATGTTATCCTGGGCTTATCCTTCCCTTGGCGGAATGGAGTAT                         GTTCTTCACCACTTGCTGTCAATTATTTCTTTAGTCTATGCTATTTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGTTATCCTGGGCTTATCCTTCCCTTGGCGGAATGGAGTATgtaagtgagc ... ccattgtcagGTTCTTCACCACTTGCTGTCAATTATTTCTTTAGTCTATGCTATTTATTCT
EST: gi|29660432|gb|CB656707.1|CB656707
EST:     ACCTTGCTATGTTATCCTGGGCTTATCCTTCCCTTGGCGGAATGGAGTAT                         GTTCTTCACCACTTGCTGTCAATTATTTCTTTAGTCTATGCTATTTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGTTATCCTGGGCTTATCCTTCCCTTGGCGGAATGGAGTATgtaagtgagc ... ccattgtcagGTTCTTCACCACTTGCTGTCAATTATTTCTTTAGTCTATGCTATTTATTCT