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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgtgccatattatttatatatggttcagcatccattttataccctcggaagtcagaactgaactttgttttgcttattatactttctttttgtttattagGTTCCTGAAGCCCTTATACCTCCAGCAGGGGCTCGTGTTATGTCCTTAACCGACGGTCTCTCCAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g54020.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g54020.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G177970_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gtgtgtgccatattatttatatatggttcagcatccattttataccctcggaagtcagaactgaactttgttttgcttattatactttct--ttttgtttattagGTTCCTGAAGCCCTTATACCTCCAGCAGGGGCTCGTGTTATGTCCTTAACCGACGGTCTCTCCAAG
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gtatgcaaaatgtcatgcacataca---------caatttcacatccttctaagttat--ctatactatacttagattagagtaccttctggtttgattgtttagGTTCCTGAAGCCCTTATTCCTCCAGCAGGGGCTCGTGTTATGTCCCTAACTGATGGTCTCTCCAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cggaagtcagaactgaactttgttttgcttattatactttctttttgtttattagGTTCCTGAAGCCCTTATACCTCCAGCAGGGGCTCGTGTTATGTCCTTAACCGACGGTCTCTCCAAG
                                    ctttctttttgtttat  CT-rich tract
                            ttattatactttcttt  TA-rich tract