Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAGACAACAATGGACCCTGAGAGGAGGATGTTGAAGCAGCTAAAGGTTGAAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagctaagtttactaaattctaaaaaacgattaacatattatattctcgctttagcatcagaactttttattttatttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g16290.1
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g16290.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 20
lower sequence: GRMZM2G111014_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 20
GGAGACAACAATGGACCCTGAGAGGAGGATGTTGAAGCAGCTAAAGGTTGAAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagctaagtttactaaa--ttctaaaaaacgattaacatattatattctcgctttagcatcagaactttttattttatttcag---
||| ||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| | ||| || |||||    || | || | |     || || |||||||  | |  |   | | ||   |||| ||| |      
GGAAACAACGATGGATCCTGAGAGGCGGCTGTTGAAGCAGCTTAGGGTTGAAGATGCTGCCGAGGCCAATGTTGTGTTCTCGTCACTTATGGGCACCCGGgtaagcaaccaagattcctaaaaacacttagaagcta-----atgttttattctccatgttactaaaaatctccatattgtatctttccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88831599|gb|CI369281.1|CI369281
EST:     TTATGGGTACCCGG                         GTTGGTGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: TTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: gi|33800991|gb|CF326369.1|CF326369
EST:     AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG                         GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: gi|88847780|gb|CI018471.1|CI018471
EST:     AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG                         GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: gi|88846177|gb|CI372945.1|CI372945
EST:     AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG                         GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: gi|88907037|gb|CI376109.1|CI376109
EST:     AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG                         GTTGATGTCACGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: gi|88254090|gb|CI352716.1|CI352716
EST:     TCTTATGGGTACCCGG                         GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: TCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: gi|88269025|gb|CI380323.1|CI380323
EST:     TTATGGGTACCCGG                         GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: TTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: gi|88381070|gb|CI523641.1|CI523641
EST:     AAATGCTGCTGAGGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG                         GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: AGATGCTGCTGA-GGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: gi|88272802|gb|CI386062.1|CI386062
EST:     GTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG                         GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAG-ATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: GTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: gi|89185707|gb|CI047576.1|CI047576
EST:     AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG                         GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: gi|86882357|gb|CI325783.1|CI325783
EST:     AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG                         GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: gi|58610552|gb|CK038264.1|CK038264
EST:     AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG                         GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: gi|86525406|gb|CI165612.1|CI165612
EST:     AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG                         GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 70 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 14

GGAGACAACAATGGACCCTGAGAGGAGGATGTTGAAGCAGCTAAAGGTTGAAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAGAACACCTTGATATTTGAGCACATTCGGCAATGCTGACAGTCGTGTATG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGAGACAACAATGGACCCTGAGAGGAGGATGTTGAAGCAGCTAAAGGTTGAAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagctaagtttactaaattctaaaaaacgattaacatattatattctcgctttagcatcagaactttttattttatttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT