1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
...tatacaccttttttatgttacatatccaaagattcatccgtttctgttatctcagtggtagacattttgccttgcatccttttctcttgtggctaaatagGTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACAATGGACCCTGAGAGGAGGATGTTGAAGCAGCTAAAGGTTGAAGATGCTGCTGAGGCCAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g16290.1 |
intron # | 19 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTTAACACCTTCCCAACAAATGCTTCTTATCATATCCAAAGGTTTAAAG GTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACAATGGACCCTGEST: gi|88846177|gb|CI372945.1|CI372945
genomic: AGTTAACACCTTCCCAACAAATGCTTCTTATCATATCCAAAGGTTTAAAGgtacaaacat ... ggctaaatagGTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACAATGGACCCTG
EST: AGTTAACACCTTCCCAACAAATGCTTCTTATCATATCCAAAGGTTTAAAG GTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACAATGGACCCTGEST: gi|66923153|gb|CX110001.1|CX110001
genomic: AGTTAACACCTTCCCAACAAATGCTTCTTATCATATCCAAAGGTTTAAAGgtacaaacat ... ggctaaatagGTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACAATGGACCCTG
EST: AGTTAACACCTTCCCAACAAATGCTTCTTATCATATTCAAAGGTTTAAAG GTCTTGGTGAGATGATGEST: gi|218495419|gb|FG960500.1|FG960500
genomic: AGTTAACACCTTCCCAACAAATGCTTCTTATCATATCCAAAGGTTTAAAGgtacaaacat ... ggctaaatagGTCTTGGTGAGATGATG
EST: AGTTAACACCTTCCCAACAAATGCTTCTTATCATATCCAAAGGTTTAAAG GTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACTATGGACCCTGEST: gi|89185707|gb|CI047576.1|CI047576
genomic: AGTTAACACCTTCCCAACAAATGCTTCTTATCATATCCAAAGGTTTAAAGgtacaaacat ... ggctaaatagGTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACAATGGACCCTG
EST: AGTTAACACCTTCCCAACAAATGCTTCTTATCATATCCAAAGGTTTAAAG GTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACAATGGACCCTGEST: gi|86882357|gb|CI325783.1|CI325783
genomic: AGTTAACACCTTCCCAACAAATGCTTCTTATCATATCCAAAGGTTTAAAGgtacaaacat ... ggctaaatagGTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACAATGGACCCTG
EST: AGTTAACACCTTCCCAACAAATGCTTCTTATCATATCCAAAGGTTTAAAG GTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACAATGGACCCTG
genomic: AGTTAACACCTTCCCAACAAATGCTTCTTATCATATCCAAAGGTTTAAAGgtacaaacat ... ggctaaatagGTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACAATGGACCCTG
gttatctcagtggtagacattttgccttgcatccttttctcttgtggctaaatagGTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACAATGGACCCTGAGAGGAGGATGTTGAAGCAGCTAAAGGTTGAAGATGCTGCTGAGGCCAA
tccttttctcttgtg CT-rich tract
taaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatacaccttttttatgttacatatccaaagattcatccgtttctgttatctcagtggtagacattttgccttgcatccttttctcttgtggctaaatagGTCTTGGTGAGATGATGCCGGCACAATTATGGGAGACAACAATGGACCCTGAGAGGAGGATGTTGAAGCAGCTAAAGGTTGAAGATGCTGCTGAGGCCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - ttatgtt
- - - - - - - - - - - -atccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - ttcatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttctgtt