1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
gtaagcagctaagtttactaaattctaaaaaacgattaacatattatattctcgctttagcatcagaactttttattttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAGAACACCTTGATATTTGAGCACATTCGGCAATGCTGACAGTCGTGTATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g16290.1 |
intron # | 20 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTATGGGTACCCGG GTTGGTGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAEST: gi|33800991|gb|CF326369.1|CF326369
genomic: TTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAEST: gi|88847780|gb|CI018471.1|CI018471
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAEST: gi|88846177|gb|CI372945.1|CI372945
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAEST: gi|88907037|gb|CI376109.1|CI376109
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG GTTGATGTCACGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAEST: gi|88254090|gb|CI352716.1|CI352716
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: TCTTATGGGTACCCGG GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAEST: gi|88269025|gb|CI380323.1|CI380323
genomic: TCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: TTATGGGTACCCGG GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAEST: gi|88381070|gb|CI523641.1|CI523641
genomic: TTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: AAATGCTGCTGAGGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAEST: gi|88272802|gb|CI386062.1|CI386062
genomic: AGATGCTGCTGA-GGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: GTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAG-ATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAEST: gi|89185707|gb|CI047576.1|CI047576
genomic: GTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAEST: gi|86882357|gb|CI325783.1|CI325783
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAEST: gi|58610552|gb|CK038264.1|CK038264
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAEST: gi|86525406|gb|CI165612.1|CI165612
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
EST: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGG GTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
genomic: AAGATGCTGCTGAGGCCAACGTTGTGTTCTCATCTCTTATGGGTACCCGGgtaagcagct ... tttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTA
acgattaacatattatattctcgctttagcatcagaactttttattttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAGAACACCTTGATATTTGAGCACATTCGGCAATGCTGACAGTCGTGTATG
gattaac putative branch site (score: 14)
ctttttattttatttc putative PPT
atcagaactttttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcagctaagtttactaaattctaaaaaacgattaacatattatattctcgctttagcatcagaactttttattttatttcagGTTGATGTCAGGAAGCAACTGATCCAGAATGCTGCAAGCATGGTCAACCTAGAACACCTTGATATTTGAGCACATTCGGCAATGCTGACAGTCGTGTATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG