Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttaccattctgtatatttctctccggtctctcactgtataactattggggctctatcatcatactcatggaatattaaaagtcaatacatccgg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G37280.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151409405|gb|EV279213.1|EV279213
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|254338389|gb|GR845639.1|GR845639
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|254340199|gb|GR858324.1|GR858324
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|254348058|gb|GR854307.1|GR854307
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|254338390|gb|GR845640.1|GR845640
EST:     AGCCAGCTGAAAGTCCAG-TTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: AGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|254340198|gb|GR858323.1|GR858323
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|308098448|gb|HO760189.1|HO760189
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|254338246|gb|GR849771.1|GR849771
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|208279577|gb|GE074134.1|GE074134
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|5820065|gb|AI988271.1|AI988271
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|58019268|gb|CX706010.1|CX706010
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|58024841|gb|CX711582.1|CX711582
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|58019608|gb|CX706350.1|CX706350
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttaccattctgtatatttctctccggtctctcactgtataactattggggctctatcatcatactcatggaatattaaaagtcaatacatccgg

- - - -  GTGGAG
- - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA