Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaaatattctttaccttgagcagtccttaggcaactactagaggctgctgtttgctgattatttttattttttatttttccatttgcacacatgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGGATGTAAATCTCCTAGATGAAGTTATTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G37280.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151409405|gb|EV279213.1|EV279213
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|254338389|gb|GR845639.1|GR845639
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|254340199|gb|GR858324.1|GR858324
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|254348058|gb|GR854307.1|GR854307
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|254338390|gb|GR845640.1|GR845640
EST:     AGCCAGCTGAAAGTCCAG-TTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: AGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|254340198|gb|GR858323.1|GR858323
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|308098448|gb|HO760189.1|HO760189
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|254338246|gb|GR849771.1|GR849771
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|208279577|gb|GE074134.1|GE074134
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|5820065|gb|AI988271.1|AI988271
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|58019268|gb|CX706010.1|CX706010
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|58024841|gb|CX711582.1|CX711582
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
EST: gi|58019608|gb|CX706350.1|CX706350
EST:     GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAG                         GTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG
genomic: GTATGGTGTGGAGCCAGCTGAAAGTCCAGTTTTGAATGGAGGACAGCCAGgtgattttac ... catgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctgtttgctgattatttttattttttatttttccatttgcacacatgtcaaagGTAAGCACCTGATTCAAGGAATTGGTGCTGGTATCATTCCCAAAGTTCTGGATGTAAATCTCCTAGATGAAGTTATTCAG
       tgctgat  putative branch site (score: 3)
     tttgctgattattttt  TA-rich tract