1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...gatgcctttgtatttattccttgggccaagattgttgattgtttcttgaatgtatttttaattgattttttttagtgtgattaatgaagttgtgtcatagGATTATCCAACTGGCAGCACTAAGCCTTATGGGGTTGAAGAGATGACCTTCTTGGAAGAAGAGGAAGTTTTTCCAACAATACCTAATTCTGATGCCTCTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G36110.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGAACTGTATATAAGTGGGATAGGAGTCTTAGAGCTTGGGTTCCCCAG GATTATCCAACTGGCAGCACTAAGCCTTAT-GGGTTGAAGAGATGACCTTCEST: gi|213601316|gb|DB968674.1|DB968674
genomic: ATGGAACTGTATATAAGTGGGATAGGAGTCTTAGAGCTTGGGTTCCCCAGgtccgtgcat ... tgtgtcatagGATTATCCAACTGGCAGCACTAAGCCTTATGGGGTTGAAGAGATGACCTTC
EST: ATGGAACTGTATATAAGTGGGATAGGAGTCTTAGAGCTTGGGTTCCCCAG GATTATCCAACTGGCAGCACTAAGCCTTATGGGGTTGAAGAGATGACCTTCEST: gi|6482635|gb|AW201880.1|AW201880
genomic: ATGGAACTGTATATAAGTGGGATAGGAGTCTTAGAGCTTGGGTTCCCCAGgtccgtgcat ... tgtgtcatagGATTATCCAACTGGCAGCACTAAGCCTTATGGGGTTGAAGAGATGACCTTC
EST: ATGGAACTGTATATAAGTGGGATAGGAGTCTTAGAGCTTGNGTTCCCCAG GATTATCCAACTGGCAGCACTAAGCCTTATGGGGTTGAAGAGATGACCTTC
genomic: ATGGAACTGTATATAAGTGGGATAGGAGTCTTAGAGCTTGGGTTCCCCAGgtccgtgcat ... tgtgtcatagGATTATCCAACTGGCAGCACTAAGCCTTATGGGGTTGAAGAGATGACCTTC
ttgaatgtatttttaattgattttttttagtgtgattaatgaagttgtgtcatagGATTATCCAACTGGCAGCACTAAGCCTTATGGGGTTGAAGAGATGACCTTCTTGGAAGAAGAGGAAGTTTTTCCAACAATACCTAATTCTGATGCCTCTG
gattaat putative branch site (score: 3)
tatttttaattgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatgcctttgtatttattccttgggccaagattgttgattgtttcttgaatgtatttttaattgattttttttagtgtgattaatgaagttgtgtcatagGATTATCCAACTGGCAGCACTAAGCCTTATGGGGTTGAAGAGATGACCTTCTTGGAAGAAGAGGAAGTTTTTCCAACAATACCTAATTCTGATGCCTCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
gatgcct
- - - - - - - - ttccttg
- - - - - - - - - - - - - - - - tgttgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agtgtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatgaag