Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aacataaagacggtcgagcattaatgcattatgttaggttgagcattaatgcattatgtcaggtaatgtttttttttttactcatgtgtttgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATATTGGCCCAAGAGTATTTGAAAAAATCCAAAGGGTGCGATGAAAGCATCTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G34750.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|24206198|gb|BU965451.1|BU965451
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATGGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|6454147|gb|AW184895.1|AW184895
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATGGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|208194761|gb|GD989374.1|GD989374
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|298176619|gb|HO023206.1|HO023206
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|208191588|gb|GD991466.1|GD991466
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|193399776|gb|FK362685.1|FK362685
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|6095196|gb|AW119863.1|AW119863
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCANATGGNGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|208329903|gb|GE129720.1|GE129720
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATA
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTG-AAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaatgcattatgtcaggtaatgtttttttttttactcatgtgtttgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATATTGGCCCAAGAGTATTTGAAAAAATCCAAAGGGTGCGATGAAAGCATCTT
 cattaat  putative branch site (score: 3)
                  taatgttttttttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aacataaagacggtcgagcattaatgcattatgttaggttgagcattaatgcattatgtcaggtaatgtttttttttttactcatgtgtttgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATATTGGCCCAAGAGTATTTGAAAAAATCCAAAGGGTGCGATGAAAGCATCTT

- - - - - - - - - - - - tgcatta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ggttgag