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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTGGCTCTCGGATTCAATGAAAAATTTATCAGGACATGGGAATACTATTTTGATTACTGTGGTGCAGGTTTTAAGTCACTCACACTAGGGAATTATCAGgtatattacagttactgttacaatcttggagtaactttatccattaaactcactagttaagatgacttggcatagccttatgtgtcattcttatgtgctg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G34340.1
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G34340.1 (Glycine max), 5'ss of exon 25
lower sequence: Vv05s0049g01620.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 20
TTTGGCTCTCGGATTCAATGAAAAATTTATCAGGACATGGGAATACTATTTTGATTACTGTGGTGCAGGTTTTAAGTCACTCACACTAGGGAATTATCAGgtatatt-----acagttactgttacaatcttggagtaacttt--------atccattaaactcactagt--taagatgacttggcatagccttatgtgtcattcttatgtgctg---------------
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TATAGAGCTTGGATTCAATGAGAAGTTCATAAGGACATGGGAATATTATTTTGATTATTGTGCAGCTGGTTTTAAAACTCGCACGCTGGGAGATTATCAGgtacctctctacacaattacactcagcttttgtctttaactttgggtttggatcagcaaaaattcataatattaaaatagcatt-tgttccaaaaaaaatcacactcataggcttttcctgtaactgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31561043|gb|CD486881.1|CD486881
EST:     TTGATTACTGTGGTGCAGGTTTTAAGTCACTCACACTAGGGAATTATCAG                         GTGGTTTTCTCACGCCCTGGTAACGTTCCTGCATTAGGCGATCCATACAAA
genomic: TTGATTACTGTGGTGCAGGTTTTAAGTCACTCACACTAGGGAATTATCAGgtatattaca ... taccatgtagGTGGTTTTCTCACGCCCTGGTAACGTTCCTGCATTAGGCGATCCATACAAA