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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggcaaattttatataaatgcattgatcataactgaactgtcttgggcctattctatctaaagagggtaatggacaaaattgttggttaatatttattctaatttgcagAATATTAAAGAGACAAGTCAACCCTTTCTTGTAACTCTCAATCCAGACCATATACCAGAAAATACCTTGCTAAAGTGGTCAACTGGCCATCCAGTCCCAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G34340.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G34340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv05s0049g01650.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gttggcaaattttatataaatgcattgatcataactgaactgtcttgggcctattctatctaaagagggtaatggacaaaattgttggttaatatttattctaatttgcagAATATTAAAGAGACAAGTCAACCCTTTCTTGTAACTCTCAATCCAGACCATATACCAGAAAATACCTTGCTAAAGTGGTCAACTGGCCATCCAGTCCCAT
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---tactaatagcttccagtgccattaaat-taactgt-ctgcatgaaagagttgccattctaca--gttaacaggtctgattactctgaaatatttg----aaaatgcagAACATTGATCAGACAAGTCGACCTTTTCTTGTGACCCTTAATCCCCCTCATACACCAGATCATACCTTGCTGAAGTGGTCAACAAGCCATCCATTCCCAT

upper sequence: GLYMA20G34340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv05s0049g01620.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-gttggcaaatttta-tataaatgcattgatcataactgaactgtcttgggcctattctatctaaagagggtaatggacaaaattgttggttaatatttattctaatttgcagAATATTAAAGAGACAAGTCAACCCTTTCTTGTAACTCTCAATCCAGACCATATACCAGAAAATACCTTGCTAAAGTGGTCAACTGGCCATCCAGTCCCAT
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tactaatagcttcgagtgccattaaattaaccgt--ctgcatgaaagagttgccattct-------gcagctaacaggtctgatca--gcctaaaa--tatttgaaaatgcagAACATCGACCAGACAAGTCTACCTTTTCTTGTGACCCTTAATCCCTCTCATACACCAGATCATACCTTGCTGAAGTGGTCAACAAGCCATCCAGTCCCAT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatctaaagagggtaatggacaaaattgttggttaatatttattctaatttgcagAATATTAAAGAGACAAGTCAACCCTTTCTTGTAACTCTCAATCCAGACCATATACCAGAAAATACCTTGCTAAAGTGGTCAACTGGCCATCCAGTCCCAT
                                          ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                      tttattct  CT-rich tract
                     aaaattgttggttaat  TA-rich tract