Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttctcataccaaaagctatgctaatcctctttttaactactgatattactcacaggatattctctttgtgaatcagTCTGGACTGCTGGTGATCGATGGAGTATCATCACGGGACTTGTTGGAGACACCCATTGTTAAACACCTGAGTTTTGCCAACCAACATTGTTTGTTTTGGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G34020.1
intron # 29
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8402650|gb|BE058284.1|BE058284
EST:     CAGTATATTGAATGTGATGAATGGCCCTTGGATTGAGCAACCCTCAAAGG                         TCTGGACTGCTGGTGATCGATGGAGTATCATCACGGGACTTGTTGGAGACA
genomic: CAGTATATTGAATGTGATGAATGGCCCTTGGATTGAGCAACCCTCAAAGGgtaatttctc ... tgtgaatcagTCTGGACTGCTGGTGATCGATGGAGTATCATCACGGGACTTGTTGGAGACA
EST: gi|213588826|gb|DB984353.1|DB984353
EST:     CAGTATATTGAATGTGATGAATGGCCCTTGGATTGAGCAACCCTCAAAGG                         TCTGGACTGCTGGTGATCGATGGAGTATCATCACGGGACTTGTTGGAGACA
genomic: CAGTATATTGAATGTGATGAATGGCCCTTGGATTGAGCAACCCTCAAAGGgtaatttctc ... tgtgaatcagTCTGGACTGCTGGTGATCGATGGAGTATCATCACGGGACTTGTTGGAGACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatcctctttttaactactgatattactcacaggatattctctttgtgaatcagTCTGGACTGCTGGTGATCGATGGAGTATCATCACGGGACTTGTTGGAGACACCCATTGTTAAACACCTGAGTTTTGCCAACCAACATTGTTTGTTTTGGT
                         tactcac  putative branch site (score: 1)
                                    tattctcttt  putative PPT
        tttttaacta  TA-rich tract