Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgtcagatggcaattaacatgaacatgttgggtttttcttactcttttatcctcacctatgtttcatgtcttctcagATGAACGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAATTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G34020.1
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G34020.1 (Glycine max), 3'ss of exon 24
lower sequence: Vv13s0064g00180.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 23
------------gtctgtcagatggcaattaacat--gaacatgttgggtttttcttactcttttatcctcacctatgtttcatgtcttctcagATGAACGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAATTCAG
            ||   |   ||   | |||   |  ||  |   ||    || |||| ||||||    | |  | | |||  | | ||||||||||| | |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||
gtattcattatagttccttcaataaaatttattttttgagaagactg---cttgcttattcttttgatttgatgtttcttt--ttttttctcagATGAGCATGATATCGATTTTGATCAATTTGGGATACTTATAAAAGTCAAGTTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6071342|gb|AW100729.1|AW100729
EST:     ATTCAGTTTTAATTTCCAAGAGATGGCTGTTGCTGGAGAAGTTTCACTAG                         ATGAACGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAAT
genomic: ATTCAGTTTTAATTTCCAAGAGATGGCTGTTGCTGGAGAAGTTTCACTAGgtctgtcaga ... gtcttctcagATGAACGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAAT
EST: gi|22522297|gb|BU081099.1|BU081099
EST:     ATTCAGTTTTAATTTCCAAGAGATGGCTGTTGCTGGAGAAGTTTCACTAG                         ATGAACGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAAT
genomic: ATTCAGTTTTAATTTCCAAGAGATGGCTGTTGCTGGAGAAGTTTCACTAGgtctgtcaga ... gtcttctcagATGAACGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acatgttgggtttttcttactcttttatcctcacctatgtttcatgtcttctcagATGAACGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAATTCAG
                           tcctcac  putative branch site (score: 2)
                                       tttcatgtcttctc  putative PPT
          tttttctta  TA-rich tract