Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcctctattgcttcctctgtaagctaatttgtttgtggatgttcgtttatgaattttggttgtatttatacttttttttttggctaattgcatttgttttagTATATTGGATCCGAAAAATCTGATCAGAATGCTGGTGAGGTCCGGAAATTGGGAATCCTAGATTTTTGGACACCTGAGAATCACTACCATTGGTCCAAGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G34020.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G34020.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv13s0064g00180.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
gtatgcctctattgcttcctctgtaagctaatttgtttgtggatgttcgtttatgaattttggttgtatttatacttttttttttggctaat-tgcatttgttttagTATATTGGATCCGAAAAATCTGATCAGAATGCTGGTGAGGTCCGGAAATTGGGAATCCTAGATTTTTGGACACCTGAGAATCACTACCATTGGTCCAAGT
    |  || |  ||  |   ||| ||  | || |    |     |||    ||  |||| | ||||     |   |   ||| |  ||  | || | |  ||||||||||||||||||    || |||||||||| |||| ||||||   |||||| |||||  | ||||||||||| || || |||||||||   |||||    |
----ggatcaaa-gccccggatgttaggaagttggacaatttggtttcaaccat--atttggcttgtgcaacttgataactttctaactcttgtgtactgtttttagTATATTGGATCCAGGGAAACTGATCAGAAGGCTGATGAGGTTTCGAAATTAGGAATTTTGGATTTTTGGACTCCAGAAAATCACTACAGATGGTCTGTTT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgaattttggttgtatttatacttttttttttggctaattgcatttgttttagTATATTGGATCCGAAAAATCTGATCAGAATGCTGGTGAGGTCCGGAAATTGGGAATCCTAGATTTTTGGACACCTGAGAATCACTACCATTGGTCCAAGT
                                  ggctaat  putative branch site (score: 3)
                                             tttgtttt  putative PPT
     attttggttgtattta  TA-rich tract