Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGAACGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAATTCAGgtgacttctgttctgaaccagttcttttgtttagtacatatgctttcatgtggtcactgttcaatgttatggttatttgatgcgactcctggttaccagt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G34020.1
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G34020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 25
lower sequence: Vv13s0064g00180.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 24
ATGAACGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAATTCAGgtgacttctgttctgaaccagttcttttgtttagtacatatgctttcatgtggtcactgttcaatgttatggttatttgatgcgactcctggttaccagt--
|||| | |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||| | | ||||||||  ||    | ||||||| ||||||| | || |||        ||    |||  |||||  |    | |    ||    | |  
ATGAGCATGATATCGATTTTGATCAATTTGGGATACTTATAAAAGTCAAGTTCAGgtaactgcagctctgaacctctttcagt-tttagtaaatatgctctgatatgggtgtgaagcatacatatc-ttattaaaaagaattttccgtcttgatttc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6071342|gb|AW100729.1|AW100729
EST:     CGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAATTCAG                         AGAAAATGGACAGCTTCAAAATCTCAGTGCTCACCATCAATCTGGCGGG
genomic: CGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAATTCAGgtgacttctg ... tcattcacagAGAAAATGGACAGCTTCAAAATCTCAGTGCTCACCATCAATCTGGCGGG
EST: gi|22522297|gb|BU081099.1|BU081099
EST:     CGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAATTCAG                         AGAAAATGGACAGCTTCAAAATCTCAGTGCTCACCATCAATCTGGCGGG
genomic: CGTGATATGGACTTTGATCAATTTGGAATACTTATAAAAGTTAAATTCAGgtgacttctg ... tcattcacagAGAAAATGGACAGCTTCAAAATCTCAGTGCTCACCATCAATCTGGCGGG