1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaagttacgaatctctttgccaaatttatgttcttctaattgcttgggtaacacgtaattaatacagaggctcaactgtataaaattattgttgcagGAATCACAACGTTGAGAACTCACTTAGCTGCTATCAAGAAGCTTTTGATGTTGTTTTTGTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G33690.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAATGTCTGATGGTTTGAATTATGAGACTCGAATATCCATGGGATTCCT GAATCACAACGTTGAGAACTCACTTAGCTGCTATCAAGAAGCTTTTGATGTEST: gi|58023122|gb|CX709863.1|CX709863
genomic: GGAATGTCTGATGGTTTGAATTATGAGACTCGAATATCCATGGGATTCCTgtaagttacg ... attgttgcagGAATCACAACGTTGAGAACTCACTTAGCTGCTATCAAGAAGCTTTTGATGT
EST: GGAATGTCTGATGGTTTGAATTATGAGACTCGAATATCCATGGGATTCCT GAATCACAACGTTGAGAACTCACTTAGCTGCTATCAAGAAGCTTTTGATGTEST: gi|58024648|gb|CX711389.1|CX711389
genomic: GGAATGTCTGATGGTTTGAATTATGAGACTCGAATATCCATGGGATTCCTgtaagttacg ... attgttgcagGAATCACAACGTTGAGAACTCACTTAGCTGCTATCAAGAAGCTTTTGATGT
EST: GGAATGTCTGATGGTTTGAATTATGAGACTCGAATATCCATGGGATTCCT GAATCACAACGTTGAGAACTCACTTAGCTGCTATCAAGAAGCTTTTGATGT
genomic: GGAATGTCTGATGGTTTGAATTATGAGACTCGAATATCCATGGGATTCCTgtaagttacg ... attgttgcagGAATCACAACGTTGAGAACTCACTTAGCTGCTATCAAGAAGCTTTTGATGT
cttgggtaacacgtaattaatacagaggctcaactgtataaaattattgttgcagGAATCACAACGTTGAGAACTCACTTAGCTGCTATCAAGAAGCTTTTGATGTTGTTTTTGTG
aattaat putative branch site (score: 3)
aactgtataaaattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttacgaatctctttgccaaatttatgttcttctaattgcttgggtaacacgtaattaatacagaggctcaactgtataaaattattgttgcagGAATCACAACGTTGAGAACTCACTTAGCTGCTATCAAGAAGCTTTTGATGTTGTTTTTGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC