Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgaatttattaccctttcccttgtctactttatgaaggataacagatcatcccttttattcatcctattgacaattttgaaatcattcttacagGTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAGGTTGTTATTACTTATTTGGGCTTCCACTGGGGTTCGTTCTTGGTTATAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G30140.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209702238|gb|BW664247.1|BW664247
EST:     CCTCCTTTCTGTGACAATGGTTCTAAACAGTGTTCAACCAGTGGTTTCAG                         GTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAG
genomic: CCTCCTTTCTGTGACAATGGTTCTAAACAGTGTTCAACCAGTGGTTTCAGgtatgaattt ... attcttacagGTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAG
EST: gi|8286337|gb|BE023896.1|BE023896
EST:     CCTCCTTTCTGTGACAATGGTTCTAAACAGTGTTCAACCAGTGGTTTCAG                         GTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAG
genomic: CCTCCTTTCTGTGACAATGGTTCTAAACAGTGTTCAACCAGTGGTTTCAGgtatgaattt ... attcttacagGTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAG
EST: gi|13563321|gb|BG551541.1|BG551541
EST:     CCTCCTTTCTGTGACAATGGTTCTAAACAGTGTTCAACCAGTGGTTTCAG                         GTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAG
genomic: CCTCCTTTCTGTGACAATGGTTCTAAACAGTGTTCAACCAGTGGTTTCAGgtatgaattt ... attcttacagGTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAG
EST: gi|192297109|gb|FG988205.1|FG988205
EST:     CCTCCTTTCTGTGACAATGGTTCTAAACAGTGTTCAACCAGTGGTTTCAG                         GTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAG
genomic: CCTCCTTTCTGTGACAATGGTTCTAAACAGTGTTCAACCAGTGGTTTCAGgtatgaattt ... attcttacagGTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAG
EST: gi|209700017|gb|BW652929.1|BW652929
EST:     CCTCCTTTCTGTGACAATGGTTCTAAACAGTGTTCAACCAGTGGTTTCAG                         GTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAG
genomic: CCTCCTTTCTGTGACAATGGTTCTAAACAGTGTTCAACCAGTGGTTTCAGgtatgaattt ... attcttacagGTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAG
EST: gi|8669788|gb|BE190895.1|BE190895
EST:     CCTCCTTTCTGTGACAATGGTTCTAAACAGTGTTCAACCAGTGGTTTCAG                         GTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAG
genomic: CCTCCTTTCTGTGACAATGGTTCTAAACAGTGTTCAACCAGTGGTTTCAGgtatgaattt ... attcttacagGTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taacagatcatcccttttattcatcctattgacaattttgaaatcattcttacagGTGTTGCTATTGGAGGTGGGTGGCAAGCCCTGGTGGCCTACATCAACATAGGTTGTTATTACTTATTTGGGCTTCCACTGGGGTTCGTTCTTGGTTATAC
                          tattgac  putative branch site (score: 2)
                                           tcattctt  putative PPT
                                 aattttgaaatcatt  TA-rich tract