Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttttagctttataattagttatttaattttctttttagaatttcgtgtatcttcacctttttaaaataattcgtttgagaggatttaatctttgttgcagATGGTGTTTTCTGCCTTGGCTTTAGCCCAATGTGAAGTGATATGGTATTTCCAACATGTAGGAATTGCATCATCAAGATCTAAAACTACTCGAGTGGTAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G02370.2
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G02370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv01s0011g01630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
ttttagctttataattag--ttatttaattttctttttagaatttcgtgtatct--tcacctttttaaaataattcgtttgagaggatttaatctttgttgcagATGGTGTTTTCTGCCTTGGCTTTAGCCCAATGTGAAGTGATATGGTATTTCCAACATGTAGGAATTGCATCATCAAGATCTAAAACTACTCGAGTGGTAC
       || || || ||  | ||||| || |  |||| |||   |    ||||  |||  || |||| | |  |  | ||  | || ||  |   | || |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| || || ||||||
---acaattaatgataaggctgatttacttgtagttttggaaag-caaaaatctgatcatgttgttaacagatattttctggaatgacttggtgaatcttacagATGGTATTTTCTGCCTTGGCTTTGGCTCAATGTGAAGTCTTGTGGTATTTCCAACATGTAGGAATTGCATCATCGAAATCCAAAACTGCTAGAATGGTAC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtatcttcacctttttaaaataattcgtttgagaggatttaatctttgttgcagATGGTGTTTTCTGCCTTGGCTTTAGCCCAATGTGAAGTGATATGGTATTTCCAACATGTAGGAATTGCATCATCAAGATCTAAAACTACTCGAGTGGTAC
                                     atttaat  putative branch site (score: 4)
                                           tctttgtt  CT-rich tract
            tttttaaaataattcg  TA-rich tract