Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATGCCCAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTGGGTGATGATGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTGATGTGTCTACTGGTGATGAGCTAACgtatgcccctatctgtgtttctcacatgtgcatttctgccatttcagcatgccaagaatactggcaatacacttgctggcatactctacaaacatactct...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G17460.2
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G17460.2 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os01g46700.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 22
GTATGCCCAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTGGGTGATGATGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTGATGTGTCTACTGGTGATGAGCTAACgtatgcccctatctgtgtttctcacatgtgcatttctgcc--atttcagcatgccaagaatactggcaata--cacttgctggcatactctacaaacatactct
| |  || || ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| || ||||| ||||   |||| ||| | || || |||||||||||||   | |  |      || |  | |  || |  ||     | || |     ||| |       |||    |       |  | ||    |||  ||    
GCACTCCAAACTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTGGGGCATGACGAGAGCCGTATTGTCCTAATCGCCAAGAAAAATGTCTCTGCCGGCGAAGAGCTAACgtatgttgcaaaatacaaagcttatttctttatcttagcatagctgcaactcagaaaggaagtacataatgactaaccatgtgtttgcttcctaaatttag---

upper sequence: GLYMA19G17460.2 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: AT5G53430.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 22
GTATGCCCAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTGGGTGATGATGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTGATGTGTCTACTGGTGATGAGCTAACgtatgcccctatctgtgtttctcacatgtgcatttctgccatttcagcatgccaagaatac-tggcaatacacttgctggcatactctacaaacatactct
||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||| || || || |||||   |||  || |  | || ||| |||||||| | | |  || | ||   || |  |  | |    || ||| |       || |  || ||||  |     |  | |||                   
GTATGCCAAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTAGGAGATGACGAAAGTCGGATTGTTCTGATTGCCAAGACCACTGTAGCTTCCTGCGAGGAGTTAACgtatacacatcactctcttgaacataattcaagtatcaccctttgattcactgaatatgacatggctgtgtgtgtttttgcag------------------

upper sequence: GLYMA19G17460.2 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv16s0098g00350.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 23
GTATGCCCAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTGGGTGATGATGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTGATGTGTCTACTGGTGATGAGCTAACgtatgcccctatctgtgtttctcacatgtgcatttctgccatttcagcatgccaagaatactggcaata-cacttgctggcatactctacaaacatactct
||   ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| || || ||||||||  ||||  || |||| |||||||||||||||||  |||||| ||| |||| | | |   | || |    |      ||       || ||| | |  ||    |    | ||   | ||| ||  | |
GTGCCCCCAACTGCTATGCAAGGATCATGAGTGTGGGTGACGATGAGAGCAGGATTGTTCTTATTGCTAAGACCAATGTCGCTGCTGGCGATGAGCTAACgtatgcatctatctctgtctctctc-tctctctctcagtgcatgtgctttgtgtcatttaatggaattttcatagacaattaaacaagagaaaaatggtat