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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ggtaaattaaacatactggactaaacaattttggacattttatcctaatctaacttatgatcattggtatactggcaatattcagccatgtataccgaaatcttttttgttttgatgtttaacaatattactatcattttatgatctcctgaacaGTTCTATGGGGCTTTTCAATTTTATCCACAACCTACTGCTAGCTTTGACAATTCTCAAATGCCACTTACTCTAGAGAATGGTCTTTCTCCTAAAAGTCAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G47050.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209704001|gb|BW667963.1|BW667963
EST:     CTACTTGGACTTTCTGATGGAACTTTATACAGCATGTCTTGGAAAGGGGA                         GTTCTATGGGGCTTTTCAATTTTATCCACAACCTACTG
genomic: CTACTTGGACTTTCTGATGGAACTTTATACAGTATGTCTTGGAAAGGGGAggtaaattaa ... ctcctgaacaGTTCTATGGGGCTTTTCAATTTTATCCACAACCTACTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttttttgttttgatgtttaacaatattactatcattttatgatctcctgaacaGTTCTATGGGGCTTTTCAATTTTATCCACAACCTACTGCTAGCTTTGACAATTCTCAAATGCCACTTACTCTAGAGAATGGTCTTTCTCCTAAAAGTCAC
                gtttaac  putative branch site (score: 3)
                                            tctcct  putative PPT
              atgtttaacaatatta  TA-rich tract