1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttctgttttttggtctgagaagaagctacttacacatatatggtttggcacttaagggtgcggtgcgaactctaactactgctgctttcttatttaccagAGGCTGCAAAGGAGTGCAGAATTGTTGTGGATACAGTTGAGTCTGCTCTTCCTAATGGAATGCCTGAGGGTATTGGTGAAGATTGTAAGTTGCAAGAAAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G35330.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tggcacttaagggtgcggtgcgaactctaactactgctgctttcttatttaccagAGGCTGCAAAGGAGTGCAGAATTGTTGTGGATACAGTTGAGTCTGCTCTTCCTAATGGAATGCCTGAGGGTATTGGTGAAGATTGTAAGTTGCAAGAAAT
ctctaac putative branch site (score: 2)
ctgctttcttattt putative PPT
tttcttattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctgttttttggtctgagaagaagctacttacacatatatggtttggcacttaagggtgcggtgcgaactctaactactgctgctttcttatttaccagAGGCTGCAAAGGAGTGCAGAATTGTTGTGGATACAGTTGAGTCTGCTCTTCCTAATGGAATGCCTGAGGGTATTGGTGAAGATTGTAAGTTGCAAGAAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
ttctgtt
- - - - - - - - gagaagaa
- - - - - - - - - - - - gctactt
- - - - - - - - - - - - - - - -acacata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggtttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggtgcg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actactg