1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gtgtatacatgtaattcacatttttctaggggtacttttgtacagtaagcagagctataagtatggcatgtcaataatgaatggtgtaaacattttgcagATCCAGAGGAGGATCCTTTTGCCAAAAGAAAAGAAAATAAGAAGAATAGAATTGAAAAACAGGAGAAAAATCGATTACAGAACTTGAAAGAAGCTGCAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G12440.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCAAATGATGAAGATGCTATTCCTATCATTGAGGCAAAACCAACTGATG ATCCAGATGAGGATCCTTTTGCCANAAGAAAAGAAA-TAAGAAGAEST: gi|192299497|gb|FG992555.1|FG992555
genomic: TGCAAATGATGAAGATGCTATTCCTATCATTGAGGCAAAACCAACTGATGgtaagcgatt ... cattttgcagATCCAGAGGAGGATCCTTTTGCCAAAAGAAAAGAAAATAAGAAGA
EST: TGCAAATGATGAAGATGCTATTCCTATCATTGAGGCAAAACCAACTGATG ATCCAGAGGAGGATCCTTTTGCCAAAAGAAAAGAAAATAAGAAGAA
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taagcagagctataagtatggcatgtcaataatgaatggtgtaaacattttgcagATCCAGAGGAGGATCCTTTTGCCAAAAGAAAAGAAAATAAGAAGAATAGAATTGAAAAACAGGAGAAAAATCGATTACAGAACTTGAAAGAAGCTGCAAA
aataatgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgtatacatgtaattcacatttttctaggggtacttttgtacagtaagcagagctataagtatggcatgtcaataatgaatggtgtaaacattttgcagATCCAGAGGAGGATCCTTTTGCCAAAAGAAAAGAAAATAAGAAGAATAGAATTGAAAAACAGGAGAAAAATCGATTACAGAACTTGAAAGAAGCTGCAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - -catgtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatggtg