1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gttgcgatactttctccatatgttgtcgatcttctgatgtgatagtactggtgatggggtgttcctgaaatctgattattttaatgcttttttgttttagTATTATGAATCTTTACTAGTGGAGACAAAAAGTAAAATGGAAAGTTCCATGTCTGAAGCAGTGGAGAAAGCTGCAGCTTCTGAAATGCTGGATATCCAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G12120.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGATGAATACAACCGTCTTCTTACATCTCAGTTGGAGACACAAAGACAA TATTATGAATCTTTACTAGTGGAGACAAAAAGTAAAATGGAAAGTTCCATGEST: gi|193368811|gb|FK335177.1|FK335177
genomic: TGGATGAATACAACCGTCTTCTTACATCTCAGTTGGAGACACAAAGACAAgtgagttaac ... tttgttttagTATTATGAATCTTTACTAGTGGAGACAAAAAGTAAAATGGAAAGTTCCATG
EST: TGGATGAATACAACCGTCTTCTTACATCTCAGTTGGAGACACAAAGACAA TATTATGAATCTTTACTAGTGGAGACAAAAAGTAAAATGGAAAGTTCCATGEST: gi|208318541|gb|GE111078.1|GE111078
genomic: TGGATGAATACAACCGTCTTCTTACATCTCAGTTGGAGACACAAAGACAAgtgagttaac ... tttgttttagTATTATGAATCTTTACTAGTGGAGACAAAAAGTAAAATGGAAAGTTCCATG
EST: TGGATGAATACAACCGTCTTCTTACATCTCAGTTGGAGACACAAAGACAA TATTATGAATCTTTACTAGTGGAGACAAAAAGTAAAATGGAAAGTTCCATG
genomic: TGGATGAATACAACCGTCTTCTTACATCTCAGTTGGAGACACAAAGACAAgtgagttaac ... tttgttttagTATTATGAATCTTTACTAGTGGAGACAAAAAGTAAAATGGAAAGTTCCATG
tactggtgatggggtgttcctgaaatctgattattttaatgcttttttgttttagTATTATGAATCTTTACTAGTGGAGACAAAAAGTAAAATGGAAAGTTCCATGTCTGAAGCAGTGGAGAAAGCTGCAGCTTCTGAAATGCTGGATATCCAAA
ttttaat putative branch site (score: 3)
tgcttttttgtttt CT-rich tract
tgattattttaatgct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgcgatactttctccatatgttgtcgatcttctgatgtgatagtactggtgatggggtgttcctgaaatctgattattttaatgcttttttgttttagTATTATGAATCTTTACTAGTGGAGACAAAAAGTAAAATGGAAAGTTCCATGTCTGAAGCAGTGGAGAAAGCTGCAGCTTCTGAAATGCTGGATATCCAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - -ttctcca
- - - - - - - - - - tgttgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - tctgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggtgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttaatgc