1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaagtagcccattcaattccattaattccatatactactagctatagcacaatatataaattaatttaaattgcagATTCCAAATGTGGGAGGGTTTGCACTGGGGCTAGTTCAGATGGTGCTATATGGCATTTACAGGAAGGGCAGTGAGAGTGAGAAGGAGCAAGGTTTAGGTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G19580.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCATAACGTGGTTTGTATATGGTTTGTCTATGCAAGACAAATGCATTTAT ATTCCAAATGTGGGGAGGGTTTGCACTGGGGCTAGTTCAGATGGTGCTATAEST: gi|5753452|gb|AI960739.1|AI960739
genomic: CCATAACGTGGTTTGTATATGGTTTGTCTATGCAAGACAAATGCATTTATgtaagtagcc ... taaattgcagATTCCAAATGTGGG-AGGGTTTGCACTGGGGCTAGTTCAGATGGTGCTATA
EST: CCATAACGTGGTTTGTATATGGTTTGTCTATGCAAGACAAATGCATTTAT ATTCCAAATGTGGGAGEST: gi|9987045|gb|BE661153.1|BE661153
genomic: CCATAACGTGGTTTGTATATGGTTTGTCTATGCAAGACAAATGCATTTATgtaagtagcc ... taaattgcagATTCCAAATGTGGGAG
EST: CCATAACGTGGTTTGNATATGGTTTG-CTATGCAAGACAAATGCATTTAT ATTNCAAATGTGGGANGGTTTGCACTGGGGCTAGTTCAAATGGTGCTATATEST: gi|7587864|gb|AW703671.1|AW703671
genomic: CCATAACGTGGTTTGTATATGGTTTGTCTATGCAAGACAAATGCATTTATgtaagtagcc ... taaattgcagATTCCAAATGTGGGAGGGTTTGCACTGGGGCTAGTTCAGATGGTGCTATAT
EST: CCATAACGTGGTTTGTATATGGTTTGTCTATGCAAGACAAATGCATTTAT ATTCCAAATGTGGGAGGGTTTGCACTGGGGCTAGTTCAGATGGTGCTATATEST: gi|6455326|gb|AW186009.1|AW186009
genomic: CCATAACGTGGTTTGTATATGGTTTGTCTATGCAAGACAAATGCATTTATgtaagtagcc ... taaattgcagATTCCAAATGTGGGAGGGTTTGCACTGGGGCTAGTTCAGATGGTGCTATAT
EST: CATAACGTGGTATTGTATATGGGTTGTCTATGCAAGACAAATGCATTTAT ATTACAAATGTGEST: gi|6666164|gb|AW277623.1|AW277623
genomic: CATAACGTGGT-TTGTATATGGTTTGTCTATGCAAGACAAATGCATTTATgtaagtagcc ... taaattgcagATTCCAAATGTG
EST: CCATAACGTGGTTTGTATATGGTTTGTCTATGCAAGACAAATGCATTTAT ATTCCAAATGTGGGAGGGTTTGCACTGGGGCTAGTTCAGATGGTGCTATAT
genomic: CCATAACGTGGTTTGTATATGGTTTGTCTATGCAAGACAAATGCATTTATgtaagtagcc ... taaattgcagATTCCAAATGTGGGAGGGTTTGCACTGGGGCTAGTTCAGATGGTGCTATAT
ttaattccatatactactagctatagcacaatatataaattaatttaaattgcagATTCCAAATGTGGGAGGGTTTGCACTGGGGCTAGTTCAGATGGTGCTATATGGCATTTACAGGAAGGGCAGTGAGAGTGAGAAGGAGCAAGGTTTAGGTG
aattaat putative branch site (score: 3)
tagctatagcacaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtagcccattcaattccattaattccatatactactagctatagcacaatatataaattaatttaaattgcagATTCCAAATGTGGGAGGGTTTGCACTGGGGCTAGTTCAGATGGTGCTATATGGCATTTACAGGAAGGGCAGTGAGAGTGAGAAGGAGCAAGGTTTAGGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG