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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGACGGCGTTGTTCCCCTTATTACGATCAACTCGATCGGATGTGTCATAGAGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatacctttttctatatatgcataattaacttactacttggatcatcatcattaacttaattttaattacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19580.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298187563|gb|HO034712.1|HO034712
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298170305|gb|HO018929.1|HO018929
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|192294396|gb|FG987325.1|FG987325
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298187340|gb|HO034489.1|HO034489
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAATGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|7589003|gb|AW704786.1|AW704786
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298194228|gb|HO040876.1|HO040876
EST:     AGCTCATCTACATTCTTACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGTAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298179714|gb|HO024929.1|HO024929
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298175454|gb|HO015087.1|HO015087
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298189496|gb|HO037899.1|HO037899
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|5753452|gb|AI960739.1|AI960739
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|9987045|gb|BE661153.1|BE661153
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298178182|gb|HO023917.1|HO023917
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|5342404|gb|AI794688.1|AI794688
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|7589271|gb|AW705048.1|AW705048
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298170026|gb|HO018650.1|HO018650
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|6455201|gb|AW185884.1|AW185884
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298163327|gb|HO012060.1|HO012060
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298190324|gb|HO032445.1|HO032445
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|6665883|gb|AW277342.1|AW277342
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298188152|gb|HO034845.1|HO034845
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298182014|gb|HO026189.1|HO026189
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTAGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298199112|gb|HO042475.1|HO042475
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|6455326|gb|AW186009.1|AW186009
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|298185761|gb|HO028072.1|HO028072
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
EST: gi|7589881|gb|AW705646.1|AW705646
EST:     AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGG                         AACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG
genomic: AGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatac ... ttaattacagAACTTAACCTATACCCTATTTGCGGCGATGAATATTGGCTTCTTGGCCTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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TGACGGCGTTGTTCCCCTTATTACGATCAACTCGATCGGATGTGTCATAGAGCTCATCTACATTCTCACCTACATTAAATATGCGCACAAGGATGCAAGGgtatatatacctttttctatatatgcataattaacttactacttggatcatcatcattaacttaattttaattacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
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