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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...catcaagttaaaataaaatcatgaaagttattttcttttttgtttcaaatattctcataattagtacgaattgttaacatttatgtgatatgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19580.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298187563|gb|HO034712.1|HO034712
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGTCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298170305|gb|HO018929.1|HO018929
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATACTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGCGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|192294396|gb|FG987325.1|FG987325
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298187340|gb|HO034489.1|HO034489
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|7589003|gb|AW704786.1|AW704786
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298194228|gb|HO040876.1|HO040876
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298179714|gb|HO024929.1|HO024929
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAT                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298175454|gb|HO015087.1|HO015087
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298189496|gb|HO037899.1|HO037899
EST:     GATCATCAT-GGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|9987045|gb|BE661153.1|BE661153
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298178182|gb|HO023917.1|HO023917
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|5342404|gb|AI794688.1|AI794688
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|7589271|gb|AW705048.1|AW705048
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298170026|gb|HO018650.1|HO018650
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|6455201|gb|AW185884.1|AW185884
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298163327|gb|HO012060.1|HO012060
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGACGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298190324|gb|HO032445.1|HO032445
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298188152|gb|HO034845.1|HO034845
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298182014|gb|HO026189.1|HO026189
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298199112|gb|HO042475.1|HO042475
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|6455326|gb|AW186009.1|AW186009
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|298185761|gb|HO028072.1|HO028072
EST:     GATCACCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
EST: gi|7589881|gb|AW705646.1|AW705646
EST:     GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAG                         GTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
genomic: GATCATCATGGGCAGTCACAATGCTTTGGCTGCCACTTTCGGAATATTAGgtaattaacc ... tgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caaatattctcataattagtacgaattgttaacatttatgtgatatgctgatcagGTAACATCATTTCTGTGATGGTGTACTTGGCTCCGGT
                          tgttaac  putative branch site (score: 2)
                       aattgttaacatttat  TA-rich tract