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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCGCGTTTTGCTCTAAATGGTTCCCACCGGGTCAAAGTCATTGGATGGATTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaattaattaattaattaattatctatcgaccccttctcatgcatacatatattattaattatctgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19580.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298170305|gb|HO018929.1|HO018929
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGA
EST: gi|192294396|gb|FG987325.1|FG987325
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|7589003|gb|AW704786.1|AW704786
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAGAAGTGATTAGAACCAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|5753452|gb|AI960739.1|AI960739
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|9987045|gb|BE661153.1|BE661153
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|7589271|gb|AW705048.1|AW705048
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAG
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAG
EST: gi|6455201|gb|AW185884.1|AW185884
EST:     TGTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTGTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAGAGAGTGTACAGGTTATGCCCTTCTATTGGTCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|207753675|gb|GD723273.1|GD723273
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGT
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGT
EST: gi|7587864|gb|AW703671.1|AW703671
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|6665883|gb|AW277342.1|AW277342
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCANTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATGATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATGTGGCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|298188152|gb|HO034845.1|HO034845
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTA
EST: gi|298182014|gb|HO026189.1|HO026189
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTC
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTC
EST: gi|6455326|gb|AW186009.1|AW186009
EST:     TNTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTC-
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|6666164|gb|AW277623.1|AW277623
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|7589881|gb|AW705646.1|AW705646
EST:     TTGTGACGCCCGTT-CACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGA-TGTACA
genomic: TTGTGACGCC-GTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACA