Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agataaggtattaattgtgaaagtgcctaagattggaaattataaatgttgaattctagtatgccactttatgttaatattgtaatatatgtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA0048S00290.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA0048S00290.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g49690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
agataaggtattaattgtgaaagtgcctaagattggaaattataaatgttgaattctagtatgcc-actttatgttaatattgtaatatatgttt--ttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA
  | |    ||   |  ||| ||    |  | |   | ||    | |    |  | |    |||  |   |    ||| |   || ||| | | |  || ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
-tacagttcatcc-tcctgacagactttgtgctcatatatctgcactacacatgtatttggtgcttatgatgcagtaacac-atagtatttttctaattttagGTGTATGGTTTCTACGATGAGTGCCAAAGGAAGTATGGGAATGCGAATGCATGGCGGTATTGCACCGATGTTTTTGACTACCTTACTCTTTCAGCAATCA

upper sequence: GLYMA0048S00290.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G055905_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
agataaggtattaattgtgaaagtgcctaagattggaaattataaatgttgaattctagtatgccactttatgttaata-ttgtaatat-atgtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA
    | | |  ||    | |  || ||  | || |   |  | |  ||     |  |||  | |||   |    || || |  |||| | |  | |   ||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| || || ||||| |
-tgcatgtttgtatccat-actgtaccacaaatggctgaaaacacttgacatgtcttagcttaccatgctggcatactaataataatgtgacttatccttagGTGTATGGTTTCTATGATGAGTGTCAGAGGAAGTATGGCAACGCCAATGCATGGCGGTATTGCACTGATGTTTTTGATTACCTTACGCTATCAGCAATCA

upper sequence: GLYMA0048S00290.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G19980.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
agataaggtattaattgtgaaagtgccta--agat--tggaaattataaatgttgaattctagtatgccactttatgttaatattgtaatatatg-----tttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA
     | | |||  | |||||  |||  |  ||||  |  |||||||| |||  || |      ||   |||   |  ||| |  | |  || ||      |||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||
-----atgcatt--tcgtgaatctgctgactagatgatcaaaattatacatg--gattctcgacattgaactcctttataacacagaaccatttgatttacttttttagGTGTATGGTTTCTATGACGAATGCCAGAGGAAGTATGGTAACGCTAATGCGTGGCGATATTGCACAGATGTTTTTGACTATCTTACCCTGTCAGCTATTA

upper sequence: GLYMA0048S00290.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT1G50370.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
agataaggtattaattgtgaaagtgcc--taagattggaaattataaatgttgaattctagtatgccactttatgttaatattgtaatatatgtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA
| ||    | | ||    |||  |     | | |||        |  | ||| | || || || |     |||  ||    |   ||| |    ||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||
acatccactgtcaaggacgaagattgtagtgatattttgtgccctgcaggttcattttta-ta-gttttcttaaattgtcgtaccaattttatatttgctagGTGTATGGTTTCTATGACGAATGCCAAAGGAAGTATGGTAATGCTAATGCTTGGAGATATTGCACGGATGTTTTTGACTATCTTACACTTTCAGCTATTA

upper sequence: GLYMA0048S00290.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv10s0071g00950.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
agataaggtattaattgtgaaagtgcctaagattgga-aattataaatgttgaatt-ctagtatgccactt-tatgttaatattgtaatatatgtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA
    |  || |        |   ||    | |||| | || | | |     || || | | |||      | | | ||| | |     | | |  ||||| |||||||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || || || ||||| || |
---aactgtttccccacataggatgaaacacattgcacaactgtgacaagagatttaccaatatttaggatatttattagtgtatacttttcttcttttccagGTCTATGGTTTCTATGATGAGTGCCAGAGGAAGTACGGAAATGCTAATGCATGGCGGTACTGCACAGATGTTTTTGACTACCTAACCCTCTCTGCGATAA

upper sequence: GLYMA0048S00290.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S31_220V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-agataaggtattaattgtgaaagtgcctaagattggaaattataaatgttgaattctagtatgccactttatgttaatattgtaatatatgtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA
  |||    | | |  |       |   |  |  || |      || | ||| | |     |  |   | |   ||  |         ||||  |  | ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||  | ||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || || || || || || |
ctgattttctctaagatacagctatctgtgtgcgtgcatccatcaatttttggaataaccgagacgtttctgattttgtccgaagtggtatgcctgac-agGTCTATGGATTTTATGATGAATGTCAGCGTAAGTATGGAAACCCAAATGCTTGGCGGTATTGCACTGACGTTTTTGACTACCTGACACTCTCGGCTATCA

upper sequence: GLYMA0048S00290.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S207_36V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
--agataaggtattaattgtgaaagt-gcctaagattggaaattataaatgttgaattctagtatgccactttatgttaatattgtaatatatgtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA
    |||   |  |   |||||||||   || |  |     | | |   ||| | |   |   |||    |   | | ||     |    | |||||  | |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||  | ||||||||||| || || || |||||||||||||| ||||| || || || || |
tgccatatatttatgcatgtgaaagttatctgaattcaattactttttgtgt-ggaccatgaaatgttgttggttttgaacggaattg-gtgtgtttgac-agGTATATGGATTTTATGACGAATGCCAGCGGAAGTATGGAAACCCAAATGCTTGGCGGTACTGCACTGATGTTTTTGACTACCTTACACTCTCAGCCATAA

upper sequence: GLYMA0048S00290.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ25636 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
agataaggtattaattgtgaaagtgcctaagattggaaattataaatgttgaattctagtatgccactttatgttaatattgtaatatatgtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA
           | ||| |  || |   |    |  |||| | |   ||||     | |  |    | ||| | ||  ||  |   | | ||   ||| |||| ||||| || |||||||||||| || |||||||||| ||| | || |||||||| || ||||| || ||||| || ||||| ||| | ||||| || |
----------gtgattctcgaattttttt--ttaagaaacttt---tgttctccccaacgaaaagaattttttttt-taacgcgttgtttgagcttccagGTGTATGGTTTCTATGATGAATGCGAGCGGAAGTATGGAAATCCAAACGCTTGGCGTTACTGTACTGACGTTTTCGATTATCTAACTATCTCTGCGATCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209728247|gb|BW651682.1|BW651682
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|298172509|gb|HO019549.1|HO019549
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|254340656|gb|GR854384.1|GR854384
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|151410851|gb|EV280666.1|EV280666
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|213603385|gb|DB966616.1|DB966616
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|192323250|gb|FK018961.1|FK018961
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|298178347|gb|HO024082.1|HO024082
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|193578884|gb|FK536690.1|FK536690
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGA
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGA
EST: gi|192296025|gb|FG989419.1|FG989419
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|298187406|gb|HO034555.1|HO034555
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAGTGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|254340657|gb|GR854385.1|GR854385
EST:     CATGAAAGTAGACAACT-ACGCA-                         GTCTATGGA-TTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGC-
genomic: CATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|193307179|gb|FK271075.1|FK271075
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|298190555|gb|HO032676.1|HO032676
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCGG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|298188878|gb|HO035571.1|HO035571
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTGGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: gi|308098123|gb|HO761294.1|HO761294
EST:     CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG                         GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgttgaattctagtatgccactttatgttaatattgtaatatatgtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA
                          tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                            tgtttttct  putative PPT
                    actttatgttaatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agataaggtattaattgtgaaagtgcctaagattggaaattataaatgttgaattctagtatgccactttatgttaatattgtaatatatgtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - gtgccta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaattc