1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...acctttttaatgctaaggatattatcacctaggtatatcttttatttattttatgtacaaaaagtggggaaaaaaatttaactgattcctctggcttcagGCCAAGATGAGGAGTTCATCCTGGTGGGTCAAGTTTTTCCTCCAGATTAACTTAGAGGAGAATGAAGCTGCTGTTAAGAAGTTTGAACAGGCTTCAACCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA0041S00280.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCACCACTCAAAAGGCCAAGGTAGCTGATGTTTCTAAATTTGGAAGAGCG GCCAANNNGAGGAGTTCATCCTGGTGGGTCAAGTTTTTCCTCCAGATTAACEST: gi|9205193|gb|BE331417.1|BE331417
genomic: CCACCACTCAAAAGGCCAAGGTAGCTGATGTTTCTAAATTTGGAAGAGCGgtgagtgtat ... ctggcttcagGCCAAGATGAGGAGTTCATCCTGGTGGGTCAAGTTTTTCCTCCAGATTAAC
EST: CCACCACTCAAAAGGCCAAGGTAGCTGATGTTTCTAAATTTGGAAGAGCG GCCAAGATGAGGAGTTCATCCTGGTGGGTCAAGTTTTTCCTCCAGATTAACEST: gi|193527330|gb|FK487572.1|FK487572
genomic: CCACCACTCAAAAGGCCAAGGTAGCTGATGTTTCTAAATTTGGAAGAGCGgtgagtgtat ... ctggcttcagGCCAAGATGAGGAGTTCATCCTGGTGGGTCAAGTTTTTCCTCCAGATTAAC
EST: GGTAGCTGATGTTTCTAAATTTGGAAGAGCG GCCAAGATGAGGAGTTCATCCTGGTGGGTCAAGTTTTTCCTCCAGATTAACEST: gi|31465818|gb|CD407846.1|CD407846
genomic: GGTAGCTGATGTTTCTAAATTTGGAAGAGCGgtgagtgtat ... ctggcttcagGCCAAGATGAGGAGTTCATCCTGGTGGGTCAAGTTTTTCCTCCAGATTAAC
EST: CCACCACTCAAAAGGCCAAGGTAGCTGATGTTTCTAAATTTGGAAGAGCG GCCAAGATGAGGAGTTCATCCTGGTGGGTCAAGTTTTTCCTCCAGATTAAC
genomic: CCACCACTCAAAAGGCCAAGGTAGCTGATGTTTCTAAATTTGGAAGAGCGgtgagtgtat ... ctggcttcagGCCAAGATGAGGAGTTCATCCTGGTGGGTCAAGTTTTTCCTCCAGATTAAC
ttattttatgtacaaaaagtggggaaaaaaatttaactgattcctctggcttcagGCCAAGATGAGGAGTTCATCCTGGTGGGTCAAGTTTTTCCTCCAGATTAACTTAGAGGAGAATGAAGCTGCTGTTAAGAAGTTTGAACAGGCTTCAACCA
aactgat putative branch site (score: 3)
ttcctct CT-rich tract
aaaaaaatttaactga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acctttttaatgctaaggatattatcacctaggtatatcttttatttattttatgtacaaaaagtggggaaaaaaatttaactgattcctctggcttcagGCCAAGATGAGGAGTTCATCCTGGTGGGTCAAGTTTTTCCTCCAGATTAACTTAGAGGAGAATGAAGCTGCTGTTAAGAAGTTTGAACAGGCTTCAACCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - tgctaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgattcc