1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...cgagtctcgctgcagtttttcgcaacaccgaatcaccaggctgagggctcatggttctgctcggtgcactcaactggcggctgtggtatgcggtgcgcagGTGGTGGTCACCCGCCAGATGCAGTCGTGGGGCGACGAGGACGTGGTGGAGATGCTGACGTACGTGGACGAGAAGCTGAAGGAGGGCATCGTGTTCCTCT
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP09300 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCAGGACCTGGGCCTGGCCTCGGACATGGTGGAGGCCGGCCTCAACAAG GTGGTGGTCACCCGCCAGATGCAGTCGTGGGGCGACGAGGACGTGGTGGAGEST: gi|49461533|gb|BP089446.1|BP089446
genomic: ACCAGGACCTGGGCCTGGCCTCGGACATGGTGGAGGCGGGCCTCAACAAGgtggggagca ... cggtgcgcagGTGGTGGTCACCCGCCAGATGCAGTCGTGGGGCGACGAGGACGTGGTGGAG
EST: ACCAGGACCTGGGCCTGGCCTCGGACATGGTGGAGGCCGGCCTCAACAAG GTGGTGGTCACCCGCCAGATGCAGTCGTGGGGCGACGAGGACGTGGTG
genomic: ACCAGGACCTGGGCCTGGCCTCGGACATGGTGGAGGCGGGCCTCAACAAGgtggggagca ... cggtgcgcagGTGGTGGTCACCCGCCAGATGCAGTCGTGGGGCGACGAGGACGTGGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cgagtctcgctgcagtttttcgcaacaccgaatcaccaggctgagggctcatggttctgctcggtgcactcaactggcggctgtggtatgcggtgcgcagGTGGTGGTCACCCGCCAGATGCAGTCGTGGGGCGACGAGGACGTGGTGGAGATGCTGACGTACGTGGACGAGAAGCTGAAGGAGGGCATCGTGTTCCTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - -agttttt
- - - - - - - - - - cgcaaca
- - - - - - - - - - - - - - - aatcacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -actcaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtatg