1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
CGCTCGCGAGACGCCCAGCGGCTCCCAGCTGCTGTACGAGACCTGCCTGTGCGTGTGGCAGATGACCTACCTGCGCCAGGCGGCGGAGGTGATGGGCCAGgtgcggacacaggcacacaggggggcgcgcgcacacgcactcggtgcacagtctgcctgcacattctgtgcatgcaaagcaccggcccctttccttgtct...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP09300 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCGTGTGGCAGATGACCTACCTGCGCCAGGCGGCGGAGGTGATGGGCCAG GTGGGCATCATCAAGCAGCTGGTGGAGGTGTGCCGTGTGGCGCAGAAGGAGEST: gi|49461533|gb|BP089446.1|BP089446
genomic: GCGTGTGGCAGATGACCTACCTGCGCCAGGCGGCGGAGGTGATGGGCCAGgtgcggacac ... gctgctgcagGTGGGCATCATCAAGCAGCTGGTGGAGGTGTGCCGTGTGGCGCAGAAGGAG
EST: GCGTGTGGCAGATGACCTACCTGCGCCAGGCGGCGGAGGTGATGGGCCAG GTGGGCATCATCAAGCAGCTGGTGGAGGTGTGCCGTGTGGCGCAGAAGGAG
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atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGCTCGCGAGACGCCCAGCGGCTCCCAGCTGCTGTACGAGACCTGCCTGTGCGTGTGGCAGATGACCTACCTGCGCCAGGCGGCGGAGGTGATGGGCCAGgtgcggacacaggcacacaggggggcgcgcgcacacgcactcggtgcacagtctgcctgcacattctgtgcatgcaaagcaccggcccctttccttgtct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acacgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcggtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctgcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tccttgt