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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgtgctggccgtcaagcaaatgctactcatggcccgtcaaattggctcacggtctccatcccggcatggctggctacagccatgagcctctctatgtactcacgccttgtaacgatggttgtgcagGTTGGTCAGTGTGAGCTAACCATCACCATCGGAGGTGAGCTGCTTGCCTCGCCCGACGGCCTGTCGCCGCTGGTGCAGAAGGACGTGCGCCTCAGCATGG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP04476
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10792282|gb|AV629648.1|AV629648
EST:     TGGACATCCCTGCGGACCTGCTGCCCGGTGCCCTTGCGCTCATGGCCGAG                         GTTGGTCAGTGTGAGCTAACCATCACCATCGGAGGTGAGCTGCTTGCCTCG
genomic: TGGACATCCCTGCGGACCTGCTGCCCGGTGCCCTTGCGCTCATGGCCGAGgtgcgtgctg ... ggttgtgcagGTTGGTCAGTGTGAGCTAACCATCACCATCGGAGGTGAGCTGCTTGCCTCG
EST: gi|14238602|gb|BG857418.1|BG857418
EST:     TGGACATCCCTGCGGACCTGCTGCCCGGTGCCCTTGCGCTCATGGCCGAG                         GTTGGTCAGTGTGAGCTAACCATCACCATCGGAGGTGAGCTGCTTGCCTCG
genomic: TGGACATCCCTGCGGACCTGCTGCCCGGTGCCCTTGCGCTCATGGCCGAGgtgcgtgctg ... ggttgtgcagGTTGGTCAGTGTGAGCTAACCATCACCATCGGAGGTGAGCTGCTTGCCTCG
EST: gi|14239885|gb|BG858685.1|BG858685
EST:     TGGACATCCCTGCGGACCTGCTGCCCGGTGCCCTTGCGCTCATGGCCGAG                         GTTGGTCAGTGTGAGCTAACCATCACCATCGGAGGTGAGCTGCTTGCCTCG
genomic: TGGACATCCCTGCGGACCTGCTGCCCGGTGCCCTTGCGCTCATGGCCGAGgtgcgtgctg ... ggttgtgcagGTTGGTCAGTGTGAGCTAACCATCACCATCGGAGGTGAGCTGCTTGCCTCG