1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...gtatgcatgtgttgtgaacgtgcctcgcgtgtgtataaccaagcgtgtgtgtgctatgtgtgaatatgcctcgcttgttgtgcggcaggctgagctggagCGGCTGCACGCCCTGGAGGAGGAGATTATGTCCACTACCGGCCCCGAGGACGAGCGCCTGGAG
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO98590 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tgtgtgtgctatgtgtgaatatgcctcgcttgttgtgcggcaggctgagctggagCGGCTGCACGCCCTGGAGGAGGAGATTATGTCCACTACCGGCCCCGAGGACGAGCGCCTGGAG
tgaatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgcatgtgttgtgaacgtgcctcgcgtgtgtataaccaagcgtgtgtgtgctatgtgtgaatatgcctcgcttgttgtgcggcaggctgagctggagCGGCTGCACGCCCTGGAGGAGGAGATTATGTCCACTACCGGCCCCGAGGACGAGCGCCTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
-tatgcat
- - - - - -ttgtgaa
- - - - - - - - - - - - - -cgtgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - ataacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtgcg