Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTTGATTCGTGATGTTGATCCTGATATCATCATTGGTTATAACATCTGCAAATTCGATTTACCTTATCTGATTGAGgtacttgaacattagattttacttttattgacggatcagtatcacctctggttagcagaagcgtgtttttctttcttatagcattctatatgtaatattatgctatgctccgctgggtcatatggcacatgtatatgtgatggatctttaacctagaaaatatgctgttttctgattctcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G63960.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G63960.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os11g08330.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GATTTGATTCGTGATGTTGATCCTGATATCATCATTGGTTATAACATCTGCAAATTCGATTTACCTTATCTGATTGAGgtacttgaacattagattttacttttattgacggatcagtatcacctctggttagcagaagcgtgtt-tttctttcttatagcattctatatgtaatattatgctatgctccgctgggtcatatggcacatgtatatgtgatggatctttaacctagaaaatatgctgttttctgattctcag
||||| || ||||| || || |||||||| || ||||| || || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||          ||||||    | | |     ||| | |  || | |||  |   |     | || || |  |   ||  ||| | || || |                                                                                        
GATTTCATACGTGAAGTGGACCCTGATATTATTATTGGATACAATATCTGCAAATTTGACTTACCCTATCTTATTGAGgtaca--------ggattttg---taaatacaatatctgcaatacatttggcaatttgggatatcttgttacagttagatttcatac-atttgcag---------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: AT5G63960.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: AC196278.2_FGT004 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GATTTGATTCGTGATGTTGATCCTGATATCATCATTGGTTATAACATCTGCAAATTCGATTTACCTTATCTGATTGAGgtacttgaacat---tagattttac---ttttattgacggatcagta-tcacctctggttagcagaagcgtgtttttctttcttatagcattctatatgtaatattatgctatgctccgctgggtcatatggcacatgtatatgtgatggatctttaacctagaaaatatgctgttttctgattctcag
||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||  | || ||||| ||||||||||   ||||    |||| | | |   |||| | | |  ||    | ||| |  |  || | | ||     ||   |    ||  ||                                                                                                     
GATTTCATACGTGAAGTGGATCCTGATATCATAATTGGATACAACATTTGCAAATTTGACATGCCCTATCTTATTGAGgtacaataacacctgtagagtgttcagattttttaggccaattgacaatcagccatatttggtacaatttgattacacacatttgcag-----------------------------------------------------------------------------------------------------