1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
CCGGTCAGGTCCTCGGCCACAATTTTACTCTGAAGACCAACAGATAAGGTCACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttgtggaaagttttggttttacaatggtagtattgactctgattatctagcctctgtgatggctgatgggtttgcaatttttacattag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G56290.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAG GGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGTEST: gi|86063589|gb|DR359346.1|DR359346
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EST: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAG GGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGTEST: gi|125135355|gb|EL175723.1|EL175723
genomic: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttg ... tttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
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EST: CACTTCCTGGTTCTGAGTTANATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAG GGGTCAAAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAEST: gi|86063588|gb|DR359345.1|DR359345
genomic: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttg ... tttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCA
EST: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAG GGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGTEST: gi|116461838|gb|EG504430.1|EG504430
genomic: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttg ... tttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
EST: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAG GGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
genomic: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttg ... tttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCGGTCAGGTCCTCGGCCACAATTTTACTCTGAAGACCAACAGATAAGGTCACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttgtggaaagttttggttttacaatggtagtattgactctgattatctagcctctgtgatggctgatgggtttgcaatttttacattag
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