Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTCTAGATTTAAAACCAAATTATGTTCGTGCTTGGGCAAACATGGGAATCAGTTACGCAAACCAGgtttgatttcagtctttgtttcttgtttgatggttgtttatggactggaaccaactgaaatgtggtatgctatcatgtttgttattgtaacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G56290.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G56290.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 13
lower sequence: Vv19s0015g01940.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
GCTCTAGATTTAAAACCAAATTATGTTCGTGCTTGGGCAAACATGGGAATCAGTTACGCAAACCAGgtttgatttcagtctttgtttcttgt-ttgatggttgtttatggactggaaccaactgaaatgtggtatgctat------catgtttgttattgtaacag
|| || ||||| || || |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| |   |  |||  |   |  |  || |       | |||  |  |    |  ||| |    | | | ||      |||||||  | || |    |
GCACTGGATTTGAAGCCTAATTATGTCCGTGCATGGGCGAACATGGGTATCAGTTATGCCAACCAGgtttgttcctacacttgatccttcatactgttttccagctttggctttcattacatagaagttgaatttacaatttgcaacatgttttatgttctttgtg